嘉靖三十七年五月（1558年6月），海瑞上任浙江省严州府淳安县知县，由主管南平县兴学教育转换为负责淳安县全县政要的岗位，进一步施展自己的抱负和才干。
海瑞施展自己的政治抱负也是顺应了时代的要求。明朝中叶以后，地主、乡绅、官僚大肆侵占兼并土地，极少数统治者与广大贫苦农民占有的土地极度不平衡。在淳安，“富豪享三四百亩之产，而户无分厘之税；贫者产无一粒之收，虚出百十亩税差，不均之事，莫甚于此”。（《海瑞集》上册《兴革条例》）地主、乡绅、官僚相互勾结玩弄“诡寄”的把戏（故意将自家的田产寄于他户），还有“飞洒”（将田赋转加给他户）；擅自挪移界址和篡改册籍，弄虚作假，进而二赋一徭役的负担都转嫁到了劳动人民身上，既造成赋税畸轻畸重，又迫使贫困农民背井离乡。
嘉靖、万历年间，有所作为的重臣，如以徐阶、张居正为代表的高官，亲身感受到了当时社会的严重弊端，发现财政危机已造成了政治上的混乱。出于维护封建统治阶级的利益的目的，他们采取了以肃正吏治与变革财政为主要内容的几项措施，但收效甚微。海瑞适应这股改革的潮流，在淳安县大胆而有见效地进行了改革。
淳安县属于新安江下游，是水上陆地交通的枢纽，多有朝廷官员往来，凡是经过淳安县的，均由县衙“接风”和“洗尘”，少则二三十两银子，多则上百两。如遇巡盐御史或巡按御史等督察官员（两者都是朝廷负责纠察弹劾的高级官员，由明朝都察院指派），要花费的银子更是在一二百两之间。巡抚来淳安视察（巡抚比总督低一级的地方高官，负责一省的政治、军事，亦称抚台都堂）则要三四百两银子。这些官吏坐船支应的船夫，走陆路支应的马匹夫役，均由淳安县承担。
常言道：“新官上任三把火。”海瑞来淳安之后，实实在在地烧了“三把火”。
第一把火，重新丈量土地、山林，挨家逐户征收田赋税役。与此同时，鼓励农民开辟荒田、山林，发展农业生产和山林木业。向贫穷的农民借贷耕牛和良种，并决定三年内不征田赋和役税。外逃他乡异地的百姓闻讯后纷纷返回了淳安。
第二把火，坚决遏制歪风邪气，整顿淳安县衙纲纪。首先，取缔了知县向来淳安出巡的巡盐御史、巡按御史、巡抚等官员赠送银两的陈规陋习；其次是严令禁止地方官吏索敛民财及携带金银赴京朝觐；再次是所有使臣、来往官僚过客车船脚力的必要支出，不许由百姓来赔垫。
有一次，浙闽总督胡宗宪（总督是地方的最高长官，辖一省或二三省）的公子经过淳安，作威作福，嫌驿站（明朝各地传递文书的公馆）负责接待的冯驿丞和知县助手陈典史的供应不周到，马匹也不称他的心，大发脾气，喝令手下人把冯驿丞捆了，倒挂在树上。驿站的人慌了，跑到县衙要办法，海瑞说：“不慌，我自有主张。”他带人走到驿站，一大堆人在围着看热闹。鲜衣华服的胡公子还在指手划脚骂人，一看海瑞来，正要分说。海瑞不理会，径自驿站去，一看胡公子带的大小箱子几十个，都贴着总督衙门封条，就有了主意。海瑞立刻变了脸色，叫人把箱子打开，箱子都沉甸甸的，装着好几千两银子。海瑞对着众人说：“这棍徒真可恶，竟敢假冒总督家里人，败坏总督官名！上次总督出来巡查时，再三布告，叫地方不要铺张，不要浪费。你们看这棍徒带着这么多行李，这么多银子，怎么会是胡总督的儿子，一定是假冒的，要严办！”说罢就把几千两银子都充了公，交给国库，写一封信把情由说了，连人带行李一并交送胡宗宪。胡宗宪看了，气得说不出话，但怕事情闹大，自己理屈，只好算了，不敢声张。
海瑞大胆机智地惩治胡家父子的消息不胫而走，从驿站传到县城，从淳安传到浙江，再从浙江传遍东南沿海，官僚贵族既恨海瑞又惧怕海瑞。正直的官员和人民群众则敬佩海瑞，内心充满对海瑞的信任。
嘉靖四十年（1561年），钦差大臣（由皇帝直接指派出京，代表皇帝查办重要政务的官员）鄢懋卿以总理浙东、浙西、淮南、淮北、长芦、河东盐政为由，搜刮民脂民膏。鄢懋卿时任都察院左副都御史，加上钦差大臣的头衔，又有大奸臣严嵩的靠山，一路上大讲排场，还向扬州知府索要上百万两银子，知府只得层层摊派催征。扬州内人人怨声载道，有的百姓被逼无奈，变卖田产房屋，甚至出现了卖儿卖女的惨剧。
鄢懋卿出巡走水路时前后有大船三十艘，携夫人秦氏大显威风。他在陆路巡查时乘坐二十四抬大轿，前呼后拥，供其役使的有数百人。他的夫人秦氏乘坐的是五彩搭的花轿，用十二个女子抬轿。每经过州府或县衙，地方各级长官都要跪着迎来送往。吃饭要有山珍海味，所住之处要张灯结彩。仅在扬州一地一顿用餐就耗皇银上千两。鄢懋卿生活十分奢侈，就连厕所都必须用锦锻做成围垫，使用银匠打制的白银便壶。
按照惯例，钦差大臣、监察要员、地方长官到地方视察都要发布安民告示，说明来意，并强调地方衙门应该力戒铺张浪费，务必关心民情，一定要注意勤俭节约。鄢懋卿此次路过淳安也不例外，安民告示照发不误。
海瑞得知钦差大人鄢懋卿要来淳安的消息后，密令家人海安了解鄢懋卿的行踪，更要掌握他利用职权，收受贿赂，卖官枉法等罪证。除此之外，海瑞还细心研究了所谓的安民告示，准备以其人之道还治其人之身。等到鄢懋卿威风凛凛地进入淳安地界的时候，海瑞率领县丞、典史、教谕等官员出迎四十里，跟随的、看热闹的民众多达一千余人。海瑞等官民来到太平桥边，抬头望见江面上三十艘大船扬帆鼓浪而来，最前面的大船旗帜迎风招展，上锈大字：“钦差总巡八省盐政都察院左都御史。”官船靠近江岸，落下船帆后，海瑞等文武官员迎接上去，海瑞问候道：“大人此次出巡，发布告示：‘凡饮食供应，都要俭朴，不要过分奢侈，浪费人民钱财。’大人真是廉正无私、为国为民啊。”
鄢大人听了这话，非常受用，随口回答：“现在民穷财尽，宽一分，人民就得一分好处，一定要体恤民情。”
海瑞马上接着他说：“但是，您奉命南下以后，各处都办酒席，每席要花三四百两银子，平常伙食也都是山禽野味等不易弄到的东西；供应极为华丽，连便壶都用银子做。这种排场，和您颁布的布告可是大大相反啊！”
彼此之间的对话尖锐起来，码头上的空气似乎骤然紧张了。鄢懋卿的幕僚汤星槎害怕海瑞再揭老底，用威胁的口吻喊道：“海瑞，你胆敢诽谤钦差！你有什么证据证明钦差大人贪赃受赂？难道你不知道尚方宝剑的厉害和朝廷的王法吗？！”
海瑞反驳：“不知道王法的不是我海瑞，而是你们。看一看这三十条大船吃水线有多深，装载的不是贪污索赂的金银又是什么？”
亲眼见识了海瑞的刚直不阿，鄢钦差才发现海瑞确实是天不怕、地不怕、官也不怕的“海疯子”，后悔轻视了他，也后悔不该路过淳安，但事已至此，只好把口气缓和下来：“本钦差念你是心直口快之人，你诽谤我，我也不与你计较，也不加罪于你。皇上、严相都信任我一贯清廉从政，如今围观之人越来越多，你还是接我进城为好。”
海瑞却用坚定的语气说：“钦差大人，这三十条大船所载何物？您是否允许我登船开舱相验，以证明大人的清白之身？至于进驻县城一事，淳安城小，百姓正忙农活，恐怕不方便吧。”
鄢懋卿这才如梦方醒，原来海瑞出郊四十里迎接自己，是为不让他进入淳安县城！再这样僵持下去，闹得沸沸扬扬，对自己一点好处也没有，还是早早离开为妙。于是，他责令汤星槎调转船头驶离太平桥。此后，“江岸上的百姓欢呼雀跃，拍手称快”。有一位百姓作歌唱道：钦差逢到海刚峰，尚方宝剑也没用。正是正来邪是邪，邪不压正一场空。淳安有了好知县，不受涂炭乐无穷。海瑞在淳安知县上任烧的第三把火，也是他深得民心的一大政绩。在此之后。海瑞为当地百姓伸张正义，解决了几件冤假错案，被百姓赞誉为“海青天”。
淳安县有一个村民叫胡胜荣，其兄胡胜祖，因与同村的邵时重多年争夺一块山地而发生纠纷。不久，胡胜祖因病身亡，胡胜荣由此对邵时重产生怨恨，暗同弟弟胡胜佑和外甥制造假象，把红色的脂粉涂在胡胜祖尸体的头部，显现血色的伤痕，向原淳安知县告状，说邵时重杀人害命。原知县派人查验死尸，认定头部血痕系被人击伤致命，判定邵时重为杀人犯，待秋后行刑。邵时重的家人多次喊冤叫屈，始终没有结果。
海瑞出任淳安知县后，邵家鸣鼓申冤，递上昭雪的状纸。海瑞和仵作（中国古代官府中检验命案死尸的人）开棺验尸，发现胡胜祖头部血痕仍然鲜红，经轻轻擦拭，没有伤迹，判断胡胜荣、胡胜佑等人诬告陷害的罪名成立。邵时重被平反洗冤后，海瑞善断冤假错案的名声远近闻名，百姓有疑难案件都请海瑞参加审理。
海瑞在淳安的另一项被人称颂的政绩，就是重视刑狱，办案注重调查研究。因为他断了许多冤案，在严州府属县颇负青天之名。因此，严州府各县遇有疑难案件，也移到淳安县处理。如《吴吉祥人命参语》所记录的，就是建德县吴吉祥在义父吴湘家中做工，堂叔吴澜上山偷砍木柴，和吴吉祥互相扯打，吴吉祥用木棍将吴澜打死。建德知县问了吴吉祥斩首罪，但甲首吴拱翠因与吴湘有隙，就买通吴吉祥，一口咬定是吴湘让吴吉祥打死吴澜的，推官复审时，拟改判吴湘犯“主使人殴打”罪，处绞刑。海瑞受严州府之委托办理此案时，对吴吉祥先认罪后翻供的情况表示怀疑，便从吴拱翠和吴湘之间的矛盾入手，进行了认真的分析和调查研究，断定吴澜系吴吉祥打死，与吴湘无关，吴吉祥被问以斩罪，案情大白。
广为民众流传的《徐继人命案参语》，详细记录了海瑞破解大案要案的过程。桐庐县县民徐继的妹妹嫁给戴五孙，从此徐戴两家结成亲家。但戴五孙好吃懒做，生活拮据，便向徐母借钱，徐继替母亲多次向戴五孙索要未果。有一天，徐继在戴家门前遇到戴五孙，两人因借钱、还钱的话题争吵起来，徐继愤怒至极，遂用石块打死戴五孙，然后把尸体抛入河水之中。恰在这一天，吏员潘天麟因公出差投宿在戴家。此件命案原由桐庐县审判，认定是戴妻徐氏与投宿戴家的吏员潘天麒通奸合谋杀死戴五孙，拟将徐氏凌迟（中国古代一种极其残酷的刑法，分割犯人的肢体），潘天麒被处斩。上报杭州府复审则判潘天麟与戴五孙斗殴杀人，拟将此人处以绞刑。京城的大理寺责成桐庐县、建德县、遂安县三县会审，仍无定论，久拖不决。巡按御史崔楝决定把此案移交淳安县复审。这桩历时十余年，几经波折的命案，通过海瑞悉心调查，实地勘察，寻找人证、物证，最终尘埃落定，即杀人凶犯是徐继，案情由戴五孙借钱不还所引发；徐氏和潘天麒是被冤枉的，立即释放出狱。海瑞断案如神的清官形象，在人民的心目中更加高大起来。
应当指出：《吴吉祥人命参语》《徐继人命参语》《邵守愚人命参语》《胡胜荣人命参语》《吴万人命语》等是海瑞办案的记录，充分说明海瑞办案重在调查研究，注重真凭实据，凡有关人命的案件，海瑞从不疏忽。
前面提到的“参语”，后来为戏曲艺术工作者、小说家改编和渲染，创作成《大红袍》《小红袍》《生死牌》《五彩舆》等文艺作品，均以海瑞办案为题材写就，成为我们艺术世界之中的宝贵文化财富。
综上所述，海瑞在淳安知县任上烧的“三把火”，即在经济上发展生产、政治上整顿吏治、法律上决断冤狱，取得了骄人的政绩，为时人所赞赏，为后人所敬仰。但是，海瑞得罪了高官权贵，损害了他们的贪污受贿的私利，特别是胡宗宪、鄢懋卿等奸臣赃官更对海瑞怀恨在心，寻找时机施行打击报复的手段。当朝廷已拟定升调嘉兴通判的海瑞（通判为官居知府的副职），还没上任，就遭到鄢懋卿指使下的巡盐御史袁淳的“揭发检举”，即借口升调的公文手续不符合规定，遂向朝廷告发，把海瑞从浙江省调到江西省，由原来的晋升改为降职，任兴国县的知县。
其实，这是巡盐御史袁淳等人对海瑞的打击报复。袁淳巡查淳安时，海瑞没有远迎远送，接待仪式也很平常，更谈不上什么赠银送礼了。袁淳此举，既迎合了鄢懋卿的小人之心，又达到了报私仇的目的，真可说得上一举两得。
顺便说明一下，遭贬的官员不仅是海瑞一人，还有慈溪知县霍玉瑕。霍玉瑕是曾任尚书之职霍韬的儿子，也因仗义执言、不趋炎附势而遭都御史鄢懋卿、巡盐御史袁淳的弹劾后被贬官，这进一步证明了明朝嘉靖时期吏治的严重腐败。
