嘉靖二十八年（1549年），海瑞参加乡试，呈上《治黎策》一文。这篇文章富有真知灼见，既涉及海南数万黎族人民切身利益，又关系到明朝对少数民族的统治政策。
长期以来，明朝官员对黎族人民的反抗起义采用武力征剿的策略，比如嘉靖二十年（1501年），征讨感恩县崖州黎民的起义，杀害黎民上万人，捣毁黎民村寨数百间，造成几千名黎民无家可归。海瑞认为，对待黎族百姓不能征剿镇压，只能疏导管理。他说：“琼去京师万里，当事请裁，或致迟误。设县立所，限其大概；乘机审势，听其便宜。”又陈：“招民、置军、设里、建学、迁创县所、屯田、巡司驿递事并图说。”可惜的是，海瑞的《治黎策》没有引起朝廷的重视。不过，海瑞非凡的管理才能却从此出名。海瑞在这次乡试中中了举人，喜报传到家里，其母谢氏喜出望外，邻居亲友也纷纷表示祝贺。
嘉靖二十九年（1550年）的春天，海瑞满怀着母亲的殷切希望，身揣亲朋好友凑集的几十两白银，以举人的身份踏上了进京会试的路程。海瑞参加京城的会试，除了完成规定文章之外，还将《治黎策》抄送给主考官员。几位主考官公认海瑞文章写得很好，有针对性，是缓解海南黎民反抗朝廷的良策。
黎族人民自古以来繁衍生息于海南岛，是古越人的一支，人口有十余万。在原始社会的氏族公社阶段，特别是在父系氏族时期，由众多家庭父系血缘关系组成，在头领的组织下，一起做工，团结互助。他们居住在自搭自建的竹楼里，在竹楼下边圈养牛或羊；沿着竹梯而上，到达里边的卧室，有简单的衣食起居的设施，通常在地铺上放两三床粗布被褥。父系血缘维系着的大家庭，多子多女，男子外出打猎，女子采摘野菜，生活困难。男人女人穿着简陋，成年人腰间围绕着一块兽皮。倘若遇见灾荒之年，许多人吃不上饭，只能以野菜、野果充饥。
黎族人民的篝火晚会非常热闹。男女民众在山沟平坝上把野草树枝点燃，围着熊熊燃烧的火堆载歌载舞。女青年们因为没有衣裳穿，只好在腰部围上一圈又一圈的树叶，光着脚翩翩起舞。如果她们发现英俊的小伙子，便会热情地围观起来，一边歌唱，一边调笑。大胆泼辣的女孩子甚至会把意中人抢回家去。
海瑞16岁那年，应琼山郡学的黎族学友德宏之邀，到海南岛五指山的山寨去游玩，时间长达半月。在这段时间里，海瑞了解黎族人民的风俗习惯，更加理解了黎族同汉族之间的兄弟关系，深切地体察到黎族民众的疾苦，这就是他作《治黎策》的思想渊源。
海瑞认为，朝廷的屡次兴兵弹压，不但没有征服黎民，反而更加激起民众的反抗，使居住在海南的众多汉族人民同时不得安宁。由此，他提出治安政策如下：
首先，要选派得力大员来海南全权负责治理黎民事务，如果没有合适的人员，我海瑞愿担当此任。
其次，在摒弃武力镇压的前提下，要从安定海南社会秩序的目的出发，在黎族集中居住区建立地方县制，尊重黎族人民的信仰和习惯，并给予他们一定的政治地位以及人身自由。
再次，要采取切实有效的措施，消除汉族、黎族人民之间的隔阂，逐渐缓和民族之间的矛盾。
其实，各民族之间的矛盾，在封建社会里归根结底与阶级矛盾、阶级斗争有关。在明王朝封建专制的社会制度下，掌握统治权柄的主宰者是不会接受举人出身的海瑞的意见的。况且，当朝天子世宗朱厚熜正忙于斋醮。所谓斋醮，是指皇帝住在西苑，从早到晚拜神求佛的宗教迷信活动。给天神书写信件，叫做“上青词”，祈求天神保佑，健康长寿，永不衰老。由于皇帝专心致志地斋醮，不理朝政，当朝宰相严嵩乘机揽权主政，凡是参加会试的举人都要贿赂千两以上的银子，否则不能成为进士。当然，海瑞没有银子可送，即使有银子，海瑞也不会送，所以他最终会试落榜。与此同时，明朝北疆告急，蒙古酋长俺答率骑兵入侵明朝边界，其势咄咄逼人，扬言攻取北京。在这样的危机下，海瑞在京师戒严备战的前夕，匆忙起程赶回海南。
三年后，即嘉靖三十二年（1553年）春，海瑞第二次进京参加会试。此时的朝政仍然把持在严嵩父子手中，肆意贪污，横行无忌。世宗朱厚熜更加昏庸无道，会试的结果可想而知，海瑞又不第。但按照明代科举制度，举人会试不第可参加下次“春闱”（举人赴京赶考进士每三年一次，均在阴历三月举行，故又称“春闱”。“闱”是考场的意思）。海瑞实在不愿再次会试了，便听从明代吏部的选调，于同年的春天，被任命为福建南平县的教谕（明代各州、府、县设有儒学，管理本地的学务，县学的正教官，叫教谕，副教官叫训导。）年底，海瑞把母亲由海南海口镇接到南平县居住，从此开始了他的仕宦之途。
南平县地处福建省的中部，比海口镇大多了，生活条件也比较好。但县里的县学管理混乱，上学难、学费很高，而且行贿送礼之风盛行，不少穷苦家庭的孩子念不起书。海瑞走马上任县学教谕伊始，颁布《教约》，雷厉风行地整顿学校规章，坚决反对滥收学生、家长礼物的不正之风；告诫教职人员不许索取非分之财；发布告示，广招学生，对富家子弟与贫困人家的孩子要一视同仁。海瑞言传身教，对送礼者一律拒绝。
还有一次，福建省延平府的官员到南平县学来视察。县学里的官员都在跪迎这些尊贵的上司，而唯有前排一个清瘦的人，只作揖行礼，与左右两位早已跪倒在地的训导形成了左右低中间高的笔架势态。延平府的官员们大喊：是谁不下跪？哪里来的山字笔架竖在这里？做出这一惊人之举的正是南平县新来的教谕海瑞。后来，人们便称其为“笔架博士”。
此后，还有巡按视察御史到南平县学视察，海瑞仍是作揖而不跪，赢得了“海强项”的赞誉。海瑞主张县学、府学皆是朝廷培育人才的圣地，身为教谕应尊师重教，首先要维护教师和读书人的尊严。县学、府学又是师长“传道、授业、解惑”的殿堂，不应该在这里给外来视察的官员们下跪。
更值得称赞的是，海瑞在南平县担任教谕期间，他非常关爱学子，既能与学生沟通，又能对有困难的学生加以帮助；海瑞主张教学既要“学然后知不足”，又要“教然后知困”。只有这样才能奋发图强，达到教学相长的目标。
海瑞大力倡导伦理道德，亲作《规士文》，强调品德修养的重要意义。特别提出做人行事乃至读书写文章，都要以民族英雄岳飞、文天祥为榜样，或“精忠报国”，或“留取丹心照汗青”。
南平县学在海瑞的整肃下，只用了三四年的时间，就办得红红火火，远近的学生皆慕名来求学，南平县学为社会培养了众多品学兼优的人才。
海瑞在南平任教谕期间，还写成了《驿传申文》。《驿传申文》对延平府所辖的将乐、沙县、大田、龙溪、永字、顺昌、南平七个县的驿传混乱的现象，提出了必须要整顿的方略，方略中说：“为今之计，只当议裁革，不当议官苗当。盖当裁革，苗当国禄行之而验，官当则正统年行之而验，必无利于前不利今日之理。不能裁革，苗当时无染指之患，后无冒破之忧，若差胜矣。然应付不堪，必至逃避……然剥削贪难称过使客，彼此观效，日私日贪。”
这段文字意思是说，百姓深受赋税之苦，家家贫穷，村落残破，没有安居之所，必然要流浪逃避他乡。为黎民百姓之生计，就必须整顿、改革。
《驿传申文》的字里行间，充溢着海瑞忧世爱民的情怀。然而事与愿违，他的方略却遭到冷遇，无人问津。
公元1553年—1557年，担任南平县学教谕的海瑞，坚持兴学育人的方针，经义治事，济世爱民，以身作则，不为俗习所染，赢得了海南道巡按监司等正直官僚的赏识，多次向朝廷推荐海瑞。海瑞遂由南平县学教谕升迁为浮安知县。
