从治学方法上看，庄述祖的用钟鼎古文与《说文》相对照进行小学研究是可取的，不失为较为科学的研究方法。但是，他首先预设有所谓轩辕等古圣贤所造的籀文，以为这才是完美无缺的文字，这就否认了文字的完善是一个不断发展的过程。这是庄氏家学在政治上以三代为最理想的时代在文字学上的表现。庄述祖所谓许慎以前的籀文实际上就是许慎以前的钟鼎古文，而所谓钟鼎古文本身就存在许多问题，所以，尽管庄述祖有很深厚的经学与小学造诣，他的以恢复籀文为目标的小学研究也有不可否认的成就，然而，在总体上他的努力是不成功的。正如李慈铭评论《说文古籀疏证》时所说：“钟鼎多赝物，又传模多失真，读者亦多以意说，庄氏条例中亦自言之，而据此欲正秦篆之失，追颉史之遗，大率支离谬悠凿空可笑。”（李慈铭：《越缦堂日记》，（台北）世界书局，1975年，第518页。）虽然如此，庄述祖在小学上的成就还是主要的，故受到许多人的推许，如丁宝铨就说，“本朝庄氏葆琛、吴氏荷屋为用金文证经之巨子，毕氏秋帆、阮氏文达公为用文考史之大宗”（《丁宝铨序》，傅山《霜红龛集》，（台北）汉华文化事业股份有限公司，1971年，第1页。）。
庄述祖的追求籀文，是希望能够找到准确解释经典的文字，这是汉学家的重文字训诂的精神。他追溯籀文并不否定《说文》，而且以为舍《说文》的“小篆无可征信”，对许慎之学多有称许之词。而尊《说文》、崇许慎，是清代汉学家所具有的共同特点。故宋翔凤以此说他以汉学为根株，是有道理的。
在许慎以外，郑玄也是汉学家所最推崇的人。庄述祖的以汉学为根株，还表现在他的治经以郑玄为宗。他在《郑家法序》中称赞郑玄：
郑君独博稽六艺之文，为之注述，剖析众说，兼综百家，略揃误文，推广遗义，揆厥源委，典礼以行。（庄述祖：《珍艺宧文钞》卷五，第15页。）
许慎的主要著作是《说文解字》，郑玄则以古文经学为主，兼采今文经学，遍注群经，带有综合两汉今古文经学的意义。所以，庄述祖对许慎主要是尊其声音文字，而对郑玄则是崇其治经能够博稽六艺，剖析众说，兼综百家。宋翔凤的《庄卿山外兄》诗也说：
家法相传世不轻，绛帷同拜郑康成。（《亿山堂诗录》卷四，《续修四库全书》，上海古籍出版社，2002年。）
宋翔凤以为庄氏之学家法相传，都宗奉郑玄之学。关于此点，庄绶甲在《周官记跋》中也有叙及：
先大父（指庄存与）之治经也，最先致力于《礼》……为《周官记》五卷……次《周官说》二卷……凡七卷，皆手定之。先大人手录其副，岁癸亥，仲父（指述祖）以授授甲，校刊于吴门……先大父治礼，本郑氏学，又偏觉晋、唐、宋、明已来说礼之书，择善而从，为郑氏拾遗补阙……授甲愚不自量，窃窥而好之，学为《周官礼笺》十卷，法郑君笺《毛》之义，有疑不能明之事，虽不敢质而自有，亦不敢不直贡其是非，为之有年矣。
这里说从庄存与到庄绶甲庄氏三代人，治《周官》皆宗郑玄。宋翔凤、庄绶甲都是庄氏之学的重要成员，他们都肯定庄氏家学在经学上对郑玄的尊奉，这是合于事实的。
同时，对庄绶甲这一说法也值得分析。从庄氏家学来说，他们虽然特别推重西汉的董仲舒，但都没有如刘逢禄那样的完全以西汉今文经学的《公羊》学为主，而是今古文经学不分，既讲今文经的《公羊》学，也重古文经的《周官》、《毛诗》；既尊西汉的董仲舒，也尊东汉的郑玄、许慎。所以，宋翔凤、庄绶甲说庄氏家学尊郑玄是有依据的，但是，这绝不是庄氏家学的全部。如蔡长林在其博士论文中反复指出，庄氏之学是以追求三代圣人之道为终极目标。在经学上凡是合于圣人之道的经典，无论古文经学还是今文经学，庄氏都是肯定的，庄存与甚至连已经被学术界认定的古文伪经，也会因存有所谓圣人之道而予以承认。
庄氏家学从庄存与到庄绶甲三代之中，有共同的东西，但是，庄氏内部也是有差异的。就庄述祖而言，他的经学除了尊郑玄、许慎的一面，较之庄存与更多的是带有西汉今文经学的特色。马宗霍先生在《中国经学史》中说：“常州学者说经必宗西汉，解经必宗籀文，自庄氏始。”所言庄氏就是指庄述祖。正是庄述祖的说经宗西汉，才有随之而来的刘逢禄以《公羊》为宗。
二说经宗西汉
治学以汉学为根株，企图通过恢复所谓古籀文来揭示经典的本义，反映的是庄述祖在治学观念与方法上受到乾嘉汉学的深刻影响。而就后来经学的发展来说，庄述祖的说经宗西汉具有历史发展意义。
庄述祖的以西汉为宗，较为严格地说是以刘向、刘歆父子以前的西汉经学为宗。他认为圣人的经典在刘歆之前，基本上没有遭到窜改；但是，自从经刘歆校书中秘以后，就遭到了淆乱。所以，庄述祖在庄氏家学中首先对刘歆进行了激烈的批评，如他在《书校对逸周书世俘后》就说：
谨按《世俘》文颇阙略，成帝时诏校书，刘向等以为周史记，传《尚书》家言，值汉中微，王莽专政，向子歆作聪明以乱旧章，自谓古文毕发；扬雄见之于符命，欲以媚伪新，诬当世。而古文之藏于秘府者，不能尽通，杂取他书充数，以是篇有武王伐纣时语，文又阙略，世罕知，乃傅会《武成序》所云“武王伐殷，往伐，归兽（狩），识其政事”者羼入篇中，又恐与《周书》不类，句刌字绝，倒置前后，与旧文相乱，意复世有能读之者，见其适与《书序》相应，必共信为真古文，无复疑议，其用心亦良苦也。（《书校定逸周书世俘后》，《珍艺宧文钞》卷五，第31页。）
歆虽改《世俘》为《武成》，其《三统》、《世经》所载，皆《世俘》旧文，谨是正其月日，目为《周书·武成》以别于《书经·汤誓》之等。……更由此而推刘歆所欲立学之《书》十六篇，未必皆出于孔壁，而古文之藏秘府者，应毁于新莽之时，不待至永嘉之乱矣。歆之颠倒五经，其弊可胜言哉？（同上。）
庄述祖对于刘歆的批评在他的其他著述中，也可以经常看到。仅从庄述祖对刘歆窜改《世俘》的批评中，我们就可以看到他的批评刘歆，已经包含着刘逢禄及其晚清《公羊》学家批评刘歆的一些重要论点，如刘歆的窜改经典是为了迎合王莽专政，欲立学官；刘歆的窜改颠倒五经，是对圣人经典的全面颠覆。自庄述祖起，攻击刘歆作伪就成为晚清今文经学家用以否定古文经学的一个重要手法。但是，与后来廖平等人在批评刘歆作伪的同时又批评郑玄的混淆今古文经学不同，庄述祖在批评刘歆的同时，对郑玄虽有批评，却主要是推崇。清代经学对郑玄态度的变化，是清代汉学向今文经学转化的一个标尺。只是到了晚清今文经学较为成熟之时，郑玄才完全成为被否定的人物，而在这之前带有今文经学倾向的经学家，绝大部分是称许，或者基本肯定郑玄的。当然，庄存与批评郑玄是较为严厉的，这一点是庄述祖与庄存与在经学上的一个重要差别。
与后来的清代今文经学家批评刘歆就一定要否定整个古文经学不同，庄述祖的说经宗西汉仍带有对今古文经学都同样肯定的特点。他著《毛诗考证》，就是以古文经的《毛诗》为正，对今文经学的齐、鲁、韩《诗》多有批评，其批评所依据的也是《毛诗》之说。他治《尚书》也多以所谓真古文经为据，如《洪范序》说：
《汉书·五行志》云：“周既克殷，以其子归，武王亲虚己而问焉。”其说本刘歆《三统》，谓即在伐纣之岁，故梅赜所献古文在《分器》前，此诬乱圣经之一端也。今文《尚书传》、《太史公书》、《周本纪》，皆以为在克殷后二年，《汉书·儒林传》以迁书《洪范》为古文说，是孔安国及欧阳大小夏侯皆无异义。倡自刘歆一人之臆说，而班固、郑氏、王肃皆以为十三年伐纣，是不可不辨者也。（《珍艺宧文钞》卷三，第9页。）
这里讨论武王克殷伐纣的时间，就肯定孔安国、司马迁的古文说。而对《尚书》的其他论说，也往往是以孔安国、司马迁的古文说为依据。他认为，孔安国、司马迁在刘歆之前，他们所传的古文经是可信的经典，他也相信有壁中所藏的古文经。可见，庄述祖批评刘歆的作伪，只是否定刘歆对有关古文经的窜改，对所谓西汉初年的古文经学还是承认的。而刘逢禄、龚自珍及晚清的今文经学家都不相信有什么刘歆作伪之前的真古文及壁中书一类的说法，他们认为西汉古文经学的传授是出于刘歆的伪造，根本不能够相信。对古文经学否定的程度，是随着清代今文经学的逐渐发展而日益加强的。从庄存与的不否定古文经学，经庄述祖的部分否定，到刘逢禄的全面否定，及廖平、康有为的彻底否定，是一个不断加剧的发展过程。
较之庄存与的不分今古文经学，庄述祖已经重视今古文经学的区分，并在总体上带有重视今文经学的倾向。这特别地表现在他对《春秋》的看法上，而这一点也是庄述祖对刘逢禄及后来的今文经学家的最大影响。他说：
《春秋》之义，以三传而明，而三传之中，又以《公羊》家法为可说，其所以可得而说者，实以董仲舒综其大义，胡母生析其条例，后进遵守，不失家法；至何邵公作《解诂》，悉隐括就绳墨，而后《春秋》非常异义可怪之论皆得其正。凡学《春秋》者，莫不知《公羊》家，诚非《穀梁》所能及，况《左氏》不传《春秋》者哉？假设无诸儒之句剖字析，冥心孤诣，以求圣人笔削之旨，则缘隙奋笔者皆纷纷籍籍，以为《左氏》可兴，《公羊》可夺矣。《夏时》亦孔子所正，《夏时》之取夏四时之书，犹《春秋》之取鲁史也，圣人之旨于是乎在，其以大正、小正、王事科为三等，盖出于游、夏之徒，高、赤之等……故先到其等，次求其例……然后古圣王所以省躬、所以授时，所以敷政，皆可得而说，庶几或附任城之后尘。（庄述祖：《夏小正音读考序》，《夏小正经传考释》卷首，道光年间庄氏脊令舫藏板，第5-6页。）
庄述祖不仅严格地区分《春秋》三传的不同，而且最为推许《公羊》，称许《公羊》有家法，特别赞赏董仲舒、胡母生、何休之说，认为《穀梁》不及《公羊》，甚至提出《左传》不传《春秋》之说，具有明显的贬斥古文经学、推崇今文经学的倾向。他还指斥《左传》有刘歆的窜改、杜预的误写，如“壹戎殷”，刘歆改“壹”为“殪”；经杜预误写者如“不飧”读为“不夕食”，此皆不明古义。“刘之逞臆虚造，杜之袭陋传讹，其失一也”（《说文古籀疏证目·条例》之一，第25页。）。他既说《左传》不传《春秋》，又说《左传》有刘歆的私改、杜预的误写，这就不仅否定了《左传》与《春秋》的联系，而且将《左传》视为刘歆的伪作。这样严厉地批评《左传》在庄存与的经学思想中是没有的。庄存与虽然在三传中以《公羊》为主，但是，并不完全否定《左传》，更没有《左传》经刘歆作伪一说。庄述祖还在《读左杂咏》中比较三传说：“赤唯传大义，高独受微言……刘歆未受左，古字古言多，妄意开经例……褒讳难书见，良由口授传。”（见《珍艺宧文钞》卷二，第20页。庄述祖此处以微言与大义区分《公羊》与《穀梁》，其实也说明《公羊》之为《公羊》在微言而不在大义。所以，一个讲《公羊》的经学家，如果不讲微言，未必就是《公羊》学，如庄存与与孔广森；而只有以微言来言说《公羊》者如刘逢禄，才是真正的《公羊》学家。）他认为《穀梁》传大义，《公羊》传微言，微言的褒贬之义不宜书见，所以，只能口授相传。至于《左传》，则有刘歆窜改古文，及其妄开经例。庄述祖以《公羊》有家法，《穀梁》不如《公羊》，所以，他是以微言高于大义。随后刘逢禄对《春秋》三传的看法及刘歆伪造《春秋左氏传》的说法，正是直接承继庄述祖之说而来的。
庄述祖在论《春秋》时，时常把《春秋》之义与《夏时》之等相比附，这不仅见于上面所引的文字。在其他地方，他也常常有所论说。如他说：
《夏时》亦孔子所正，《夏时》之取夏四时，犹《春秋》在取鲁史也。（庄述祖：《夏小正音读考序》，《夏小正经传考释》卷首，第5页。）
庄述祖认为《夏时》为孔子所定，而孔子定《夏时》取夏代四时时令，如同著《春秋》取鲁史一样。因此，夏代四时如鲁史，《夏时》犹《春秋》。孔子在《春秋》著其义，而在《夏时》著其等。如《夏时》大正、小正、王事三等之例，即《春秋公羊》三科之义，《春秋公羊》之三统即《夏时》之三正：
曷谓王十有一月？通三统也。周以十一月为正天统也，殷以十二月为正地统也，夏以十三月为正人统也。记曰：正朔三而改，文质再而复，三统建兴，天地之始，故《春秋》三微之月皆书王，以是见承天统者不可不慎也。（《明堂阴阳夏夏小正经传考释·夏时说义下》卷三，第15-16页。）
所不同的是《夏时》是继治而作，《春秋》则是继乱而作。他说：
《夏时》推原终始之运，本其所以兴，曰：“正月启蛰。”犹戒之以所以废，系之十有二月，曰：“陨麋角。”十有二月陨麋角，失闰也。《春秋》再书十有二月螽，终以西狩获麟，麟者周之瑞兽也。《春秋》继乱反诸正，当修文王之政，《夏时》继治失其道，是为十有二月陨糜角。得失之戒昭昭明甚。（庄述祖：《夏时说义下》，第19页。）
《夏时》与《春秋》的继治与继乱虽然正反不同，但都是孔子所要告诉人们的圣人之道。所以，二者又是相通的：“窃以为《夏时》之等，犹《春秋》之义也。故准何邵公《公羊春秋》条例，睎隐括就绳墨。”（《大戴礼记夏小正考异后记》，《夏小正经传考释》卷一，第2页。）
庄述祖还把这一比附扩大到五经：
故《易》终未济，《书》终《秦誓》，《诗》终《商颂》，《春秋》终西狩获麟，《夏时》终于陨麋角。戒之哉，戒之哉！（庄述祖：《夏时说义下》，第19页。）
《易》非卜筮也，《春秋》非记事也，《夏时》非记时也。圣人之于经，所以观三代之道也，天地之德也，圣人之心也。《易》之卦也，《春秋》之义也，《夏时》之等也，一也。（庄述祖：《夏时说义下》，第1页。）
他认为，《易》的卦、《春秋》的义，《夏时》的等，都是圣人之心的体现，所表现的都是天地之德，三代之道；而《易》64卦以未济终，《书》以《秦誓》终，《诗》以《商颂》终，《春秋》终于西狩获麟，《夏时》终于十二月的陨麋角，都是蕴含着孔子所要昭戒人们的圣人之道。庄述祖的这些比附，带有以《春秋》之义来贯通五经的观念，而他于《春秋》三传最推许《公羊》，所以，他的以《春秋》之义来贯通五经，实际上是以《公羊》为主的。刘逢禄的以《公羊》统宗五经，明显地受到庄述祖这一思想的影响。
从庄述祖的经学思想中可以看出，他与伯父庄存与有很大的不同。李兆洛曾论二人学术说：“宗伯（庄存与）如泰山洪河，经纬大地，而龙虎出没，风云自从；大令（庄述祖）如穷岛极徼，宙合未通，而奇险所辟，跬步皆实，盖有积精致神之诣焉。"（《珍艺宧遗书序》，《珍艺宧遗书》卷首。）而从清代经学发展的轨迹来说，庄述祖的经学思想尽管有既以汉学为根株，又有说经宗西汉的不协调，但是，他的重视今古文经学的区分，推许《公羊》学的有家法，尊崇董仲舒、何休，以《春秋》之义贯通五经，批评刘歆的作伪等观念，则将清代以《公羊》学为中心的今文经学向前大大推进了一步。这些思想经刘逢禄的发挥，形成了以《公羊》学为宗的经学体系。尤其值得指出的是，庄述祖虽然与庄存与一样都以发挥圣人之义、三代之道为归宿，都推重董仲舒与何休，但是，庄存与是重大义而轻微言，庄述祖则开始转向对微言的相对重视，这一转变正是刘逢禄经学思想形成的必要资源。故深于庄氏家学研究的蔡长林将庄述祖视为庄氏家学的转折人物，是合于清代经学史发展的准确定位。
