与庄存与的整个经学思想相应，《春秋正辞》所说的圣人之道也就是尧舜之道。庄存与说：
然则《春秋》何以作乎？法文王也，乐道尧舜之道也。（庄存与：《春秋正辞·天子辞第二》卷二。）《春秋》制义，以继王迹。（庄存与：《春秋正辞·禁暴辞第七》卷九。）
《春秋》之义就是承继尧舜诸圣王之迹，阐发以文王为代表的尧舜三代圣人之道。这一圣人之道就其内容而言，不过是规范君臣父子伦理的礼义，故庄存与在《春秋正辞》中，一再声称《春秋》是礼义之大宗：
君子作《春秋》，起教于微眇，其奚待流逴荒亡，为诸侯忧，而后讥其重乎？故曰礼义之大宗，所为禁者难知矣。（庄存与：《春秋正辞·内辞第三中》卷四。）
诸侯之事，父子君臣之大伦，要在于《春秋》，故曰：礼义之大宗也。（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）
《春秋》礼义之大宗也，治有司者也。（庄存与：《春秋正辞·诛乱辞第八》卷一〇。）
以《春秋》为礼义之大宗，其说出自西汉的司马迁。而司马迁之说本于董仲舒。（司马迁：《史记·太史公自序》，《二十五史》，新疆青少年出版社，1999年。）春秋之时天下大乱，臣弑其君，子弑其父，不绝于书，故《春秋》不是正面地阐述礼义，而是“所记败乱多矣”（庄存与：《春秋正辞·诛乱辞第八》卷一〇。），“罪其君父，所以正本也”（庄存与：《尚书既见》卷一，第2页。），“《春秋》诛乱贼，义有所辟，辞以诛之，未有但已者”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。），“《春秋》考成败，录祸福”（庄存与：《八卦观象解下》，第22页。）。《春秋》主要是对当时各种违背礼义的言行的批评，并且通过诛讨乱臣贼子来说明礼义，故对《春秋》的理解要从孔子所讥来认识，所谓“《春秋》乐道尧舜之道，察其所讥，尧舜之道存焉”（庄存与：《春秋正辞·禁暴辞第七》卷九。），而“不知孔子作《春秋》，何以为王者之事？何以为乐道尧舜之道？”（庄存与：《系辞传论》，第41页。）孔子正是通过对乱臣贼子的诛讨，阐明了他所要说明的圣人之道以及君臣父子所应遵守的礼义大宗。所以，庄存与不仅在书中以诛讨乱臣贼子为中心内容，而且专列《禁暴》、《诛乱》二篇，再三强调：“为人君父而不通于《春秋》之义者，必蒙首恶之名；为人臣子而不通于《春秋》者，必陷篡杀之名”（庄存与：《春秋正辞·诛乱辞第八》卷一〇。）。要求君臣父子都必须以《春秋》为教科书，从中体会礼义的规范，领悟圣人之道，才能不失为君臣父子；否则，就将有君臣父子之间的篡杀等种种恶行发生。他对《春秋》的这种基本认识，与董仲舒的看法是完全一致的。
《公羊》学认为，《春秋》的圣人之道是通过孔子的特殊笔法来体现的，要了解《春秋》的圣人之道就必须明白圣人的笔法。自《公羊传》以后，董仲舒、何休及其后儒对《春秋》的笔法都多有发明，但是，用所谓《春秋》笔法并不能对《春秋》的所有内容一一作出令人满意的解说。如，《春秋》昭公十三年，“冬，十月，葬蔡灵公”，蔡灵公有弑君父的大罪，“般也生死无所容于天地”，按照《春秋》笔法对蔡灵公是不应书葬的，但这里却有书葬之文。《公羊传》无解，何休虽然对此有所解释（何休的解释是：“书葬者，经不与楚讨，嫌本可责复仇，故书葬，明当从诛君论之，不得责臣子。”《春秋公羊传注疏》，《十三经注疏》，第2323页。），但是，庄存与却不以为然。他认为，之所以书葬是因为“蔡不可绝，故过而予之也。《春秋》有过辞乎？曰：与其杀不辜，宁失不经，《春秋》之过，虞帝之过也”（庄存与：《春秋正辞·诛乱辞第八》卷一〇。）。在这里，庄存与承认《春秋》的笔法有所谓“过辞”，也就是承认言辞总是具有不能穷尽义旨的局限性。承认《春秋》有“过辞”，而不是把《春秋》之辞与圣人之道牵强附会，这是庄存与的高明之处。因此，较之许多《公羊》学家尤其是晚清的《公羊》学家，庄存与对《春秋》的解释较少有附会的成分。
庄存与承认《春秋》有“过辞”，但他并没有因此而否定《春秋》之道的绝对性。他提出《春秋》之法与其所表现的圣人之道之间，有有穷与无穷的区别：
《春秋》……法可穷，《春秋》之道则不穷。（庄存与：《春秋正辞·诛乱辞第八》卷一〇。）
《春秋》讨贼也，正名而已矣。我无加损焉。名穷于不可正加一辞焉，而弑君之贼无所容于天下万世，故曰：法可穷，《春秋》之义则不可穷。（同上。）
《春秋》用来诛讨乱臣贼子的笔法、文辞有限，因此，难免有“过辞”，但是，孔子却通过有穷的笔法、文辞，阐发了无穷的圣人之道。即使是《春秋》的“过辞”，也不是真正的过错或是对罪过的肯定，而是“与其杀不辜，宁失不经”一类的虞帝圣人之过。这种所谓“过辞”，实际上是圣人在特殊情形下，以“不经”的形式所表达的圣人之道。因此，绝不能因《春秋》的笔法、文辞有穷，有所谓“过辞”，而怀疑圣人之道的无穷。较之某些《公羊》学者甚至将《春秋》的文辞也说成绝对完美无缺，庄存与的说法具有较多的合理性。而他所说的圣人之道无穷，包含时空的双重含义，从空间说适用一切国家，从时间上说万世通用，故庄存与说，“《春秋》万事之权衡也”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。），能够传之万世而不乱。这种肯定《春秋》之道或是《春秋》之义无穷的观念，使《春秋》学在每一个时代都具有对现实指导意义的永恒价值，为《春秋》成为万古不变之经提供了理论依据。
3与《公羊》学的异同
《春秋正辞》的基本思想是以《公羊》为主，这是毫无疑义的。但是，要真正理解《春秋正辞》，必须具体地说明《春秋正辞》究竟吸收或舍弃了《公羊》学哪些思想，其吸收有何不同之处，其舍弃有何意义等。我们可以从由构成《公羊》学哲学的孔子改制说、政治学的大一统说、历史学的三统说三世说这三大内容来作一分析。
首先，关于孔子改制说。汉代《公羊》学的孔子改制说由三个论点组成，一是孔子素王说，以孔子为有德无位的素王；二是孔子王鲁说，以孔子缘鲁以言王义；三是《春秋》新王说，以《春秋》为改制的“俟后”之作。而庄存与对这三个论点几乎都没有吸收。
庄存与虽然承认孔子受命于天的圣人，但却不讲孔子素王说。他说：
大哉受命！钊我至圣，弗庸践于位，皇惟飨德，乃配天地。（庄存与：《春秋正辞·叙目》。）
庄存与承认孔子受命于天，具有德配天地的崇高地位。可是，他只说德配天地的孔子为至圣，即圣人之极，而不说孔子是受命于天的素王。只称孔子为至圣，而不说孔子是素王，是庄存与与《公羊》学在孔子素王说上的区别。
对于王鲁说，庄存与在释隐公七年“滕侯卒”及隐公十一年“滕侯、薛侯来朝”时说：“滕侯、薛侯，《春秋》当新王也，滕子、薛伯，亲周也，《公羊》家识之矣”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）。这里虽然有涉及《公羊》学的王鲁说的含义。但是，庄存与只是说《公羊》家有此一说，而没有明确刊登其说。而他在许多《公羊》学讲的王鲁地方，都不仅不采其说，反而予以否定。如隐公元年“三月，公及邾仪附盟于篾”，何休是用王鲁之说为解，认为此条是孔子王鲁的笔法体现，而庄存与则是用隐公有违孝道来解释，认为是孔子对鲁隐公的批评（庄存与：《春秋正辞·内辞第三中》卷四。）。又隐公二年，“春，公会戎于潜”。何休说：“所传闻世，外离会不书，书内离会者，《春秋》王鲁，明当先自详正躬自厚，而薄责于人，故略外也。”庄存与则说：“欲公修鲁公之法，而谨诸侯之度也。实逼处此，度外置之，治内治外之谓何也？”（庄存与：《春秋正辞·外辞第六》卷八。）认为此条之义不是说王鲁，而是要求隐公谨诸侯之度。又隐公三年，“八月庚辰，宋公和卒”。何休说：“不言薨者，《春秋》王鲁。死当有王文，圣人之为文辞孙顺，不可言崩，故贬外言卒，所以褒内也。”庄存与则说：“《春秋》之辞，于我君曰公薨，于人之君爵之，而皆曰卒。尊己卑人，本臣子之恩自致于君亲，而不贰其敬，义之大者也。岂曰托王于鲁哉？”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）以为此条之义也非王鲁说，而是讲的亲亲之道。这说明庄存与对王鲁说，基本上是予以否定的。
庄存与有“《春秋》当新王也”（同上。）之说，但此说是以《春秋》继承了尧舜三代圣王之道，而使后世新王有所遵循的万世不变的大法，所谓“当”只是“相当于”之义，而不是《公羊》学说的《春秋》是孔子以素王身份，为继周的新王所立之法。同是《春秋》新王说，《公羊》学强调的是《春秋》改制的意义，而庄存与则讲是对尧舜三代圣王之道的总结。他说：
《春秋》应天受命作制，孟子舆有言天子之事，（孟子有言《春秋》为天子之事，故此处“舆”字疑为衍文。）以托王法，鲁无愒焉；以治万世，汉曷观焉。（庄存与：《春秋正辞·奉天辞第一》卷一。）
愒训为贪。《春秋》新王说，发端于孟子的《春秋》天子之事。但是，庄存与认为孟子之说，只是从孔子受天命而制作了治万世的王法而言。这个王法也就是尧舜三代的圣人之道，而不是汉代《公羊》学的王鲁说与所谓为汉制法。他在论说夏征舒弑陈灵公时，就清楚地说明了这一点：
《春秋》天子之事也。罪其君父，所以正本也。故曰：为人君父而不通于《春秋》之义者，必蒙首恶之名；为人臣子而不通于《春秋》之义者，必陷篡弑之诛，死罪之名。（庄存与：《春秋正辞·诛乱辞第八》卷一〇。）
在庄存与的思想中，能用来“正本”的只能是圣人之道。不仅如此，庄存与还特别强调只有君王才能改元立制，否则，就是篡杀之诛，死罪之名，“惟王者改元立号，庶邦丕享，则爵命诸侯，天子之事也云而。苟非其人，天无二日，民无二王，不免于篡杀之诛，死罪之名，如其人，如其人”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）。因此，他解释隐公七年，滕子卒，《春秋》书“滕侯卒”，只是因为“以其子来朝，恩录其父王者，所不辞也”（同上。）。从书法说，是“贵贱不嫌者同号”，“齐亦称侯，滕亦称侯”（庄存与：《春秋举例》。），并没有《公羊》学的孔子自己改制立爵，将滕子变为滕侯之义。所以，庄存与并不把《春秋》看成改制之作，而认为是一部拨春秋之乱、反圣人之道的著作：
《春秋》考成败，录祸福，讥世卿最甚。故曰：于其无好德，汝虽赐之福，其作汝用咎。以此为上帝之大禁也。（庄存与：《八卦观象解下》，第22页。）
夫子曰：“吾志在《春秋》，行在《孝经》。”拨乱反正，亦教之孝弟而已矣。（庄存与：《春秋正辞·内辞第三中》卷四。）
《春秋》不过是“教之孝弟”的著作，而非为所谓后王改制立法之书。所以，庄存与讲的《春秋》天子之事，不过是说孔子的《春秋》集合了尧舜三代圣王之义。他的“《春秋》制义，以继王迹”（庄存与：《春秋正辞·禁暴辞第七》卷九。），就是对此的明确说明，与《公羊》学的《春秋》是孔子为新王所立之法含义大不相同。
同时，《公羊》学的《春秋》新王说，是与黜杞、新周、故宋的三统说联系在一起的。如何休解释宣公十六年“夏，成周宣谢灾”，就以“孔子以《春秋》当新王，上黜杞，下新周而故宋”为说。没有黜杞、新周、故宋，所谓《春秋》新王说就不能成立。而庄存与在论说此条时，虽罗列了《公羊传》、《穀梁传》、《左传》与董仲舒、刘向诸家之说，（庄存与：《春秋正辞·奉天辞第一》卷一。）却唯独没有一点黜杞、新周、故宋的发明。因此，庄存与的《春秋》新王说与《公羊》学的说法是有根本区别的。
可见，庄存与的《春秋正辞》没有孔子素王说、王鲁说等说，虽有《春秋》新王、《春秋》天子之事之说，但与《公羊》学之义实有不同。因此，可以说《春秋正辞》基本上没有孔子改制说的发明，而晚清讲《公羊》的学者，无不以孔子改制说为其发挥理论的根据，这是庄存与虽重《公羊》而与晚清讲《公羊》者在理论上的重大不同。
这一理论上的不同，实际上有着深刻的历史原因。《公羊》学的孔子改制说，在本质上是一种要求社会变革、革命的理论。它在先秦反映了中国当时社会要求建立大一统的时代要求，在汉初又成为汉王朝建立统一的中央集权国家的理论依据。理论只有合乎时代需要，才能成为时代的显学。当运者王，《公羊》学所以能够在西汉取得最为显赫的地位，原因就在于此。这样一种理论，在社会变革时期具有十分重要的意义，是不可或缺的；但是，当时代需要的基本制度已经建立以后，它就完成了历史的使命。《公羊》学在汉代以后两千来年虽也时有人提起，《公羊传》也一直被作为经典受到推崇，历代也有人利用孔子改制说为其寻求合法性，但是，《公羊》学在总体上却默默无闻，几成绝学，孔子改制说更没有成为时代理论的热点。只有当社会变革的时代要求已经被提出，而崭新的时代变革理论又没有出现时，《公羊》学的孔子改制说才能再次成为社会的时髦理论，而被人利用来为社会变革作理论上的论证。
其次，从三世说、三统说来看，庄存与也只是在形式上接受了《公羊》学的说法。对三统说，庄存与将其作为“奉天辞”中的第四项内容，并在后面有所论说，但也只是引用何休、刘向之言及孔子之言予以证明，而他只是从历法、天命授受方面引用何休等人之说，丝毫不及何休等人的三统说，至于黜杞、新周、故宋的三统说，庄存与丝毫没有采纳。值得特别注意的是，董仲舒也有三统说的专论，见《春秋繁露·三代改制质文》，庄存与论《春秋》本来是主要据董仲舒为说的，但是，庄存与却不引以为说。这是因为，董仲舒的三统说就是“改制”说，或者至少是与“改制”密不可分的。可见，庄存与的不引董仲舒之说，是要刻意避免“改制”之义。言三统而无三统更替的改制之义，是庄存与三统说与《公羊》学的区别所在。
而对于三世说，庄存与虽然以其为“奉天辞”的第9项内容，但在后文却没有专门的论说。他在《春秋正辞》的其他地方，也有关于三世说的言论，如于《春秋》隐公七年，释“滕侯卒”说，“滕，微国也。所闻世始书卒，所见世乃书葬，曷为于所传闻之世，称侯而书卒”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）。又如“小国如曹，所传闻世已书卒矣；如滕如邾如莒，则书自所闻之世；如薛如许，则书以所见之世；至所见世，舍莒皆书葬矣。”（庄存与：《春秋正辞·诸夏辞第五》卷七。）然而，这些说法只是取《公羊》学的《春秋》分所传闻世、所闻世、所见世及其三世不同笔法亦异之说，而根本看不到他对《公羊》学三世说最有价值的据乱、升平、太平之说的任何发明。他在论“张三世”时，似乎有这方面的含义：“据哀录隐，隆薄以恩，曲伸之志，详略之文，智不危身，义不讪上，有罪未知，其辞可访。拨乱启治，渐于升平，十二有象，太平已成。”（庄存与：《春秋正辞·奉天辞第一》卷一。）这里虽然有拨乱、升平、太平之语，但是，并没有将所传闻世三世与据乱三世相联系。从语义与语法上说，“拨乱启治”即拨乱反正之义，尔后的升平、太平不过是拨乱反正的结果。因此，他的拨乱启治与升平、太平的关系，是一种因果关系的语句，而不是三世说的拨乱世、升平世、太平世的并列递进关系。再结合庄存与其他言三世只言所传闻世、所闻世、所见世，无有拨乱、升平、太平三世的迹象来看，他的“张三世”根本没有“用据乱世——升平世——太平世解释三世说”（陈其泰：《清代公羊学》，第68页。）之义，而只是说孔子在《春秋》的所传闻世、所闻世、所见世的三世十二公中寓含的圣人之道，可以起到拨乱反正的效果，并使人类社会进入升平、达到太平的理想世界。
