对谶纬学与汉代经学之今古文学的关系，蒙文通指出，今文家既有好灾变图谶的，亦有辟灾变图谶的。他引《尹敏传》所言：“谶者非圣所作，其间多近鄙别字，颇类世俗之辞，恐疑误后生。”认为：“此今文家亦难图谶者也。则今文家而好灾变图谶者有之，辟灾变图谶者亦有之。”甚至把内学作为今文学的一部分，与经学相混。他说：“今文学又是那些学问来组织成的呢？最触目的一个问题，就是今文学里边有一部分是谶纬、是灾异的内学，这部分学问是很靠不住的。……内学这东西，本来不是经学内的，他是渐渐地才与经学相混的。汉儒无论那一派没有不混合内学来讲的，古文家后来也还是这样，不单是那一派的过错。”对谶纬提出批评，认为它靠不住，它原本不是经学的范畴，后来逐渐与经学相混。虽然蒙文通看到无论今文学，还是古文学，均是混合了谶纬来讲的，不仅今文家，而且古文家也讲谶纬，但他把谶纬之内学说成是组成今文学的内涵，表明今文学更多地受到谶纬的影响，而古文学家则更多地去批评谶纬。
关于古文学家对谶纬的批评，蒙文通引桓谭之言加以说明，但亦指出古文学家如刘歆等也有传谶纬的。他说：
桓谭言：“今诸巧慧小才数术之人，增益图书，矫称谶记。”古文家若桓谭、郑兴、贾逵之斥图谶，事固显著，无待论也。然《后汉书·李通传》言：“通父守从刘歆学星历谶记。”则歆为古学本师，亦传谶记。贾逵以《左传》证帝宣，又窜“其处者为刘氏”一语于《传》中以合谶。郑玄注经亦征祕说（谶纬），《左氏》传于张苍，苍实著《终始五德传》者，犹的为邹衍之徒。则信毖纬者今文家有之，古文家亦有之，辟毖纬古文家有之，今文家亦有之，非独一家之过也。
指出古文学家既“斥图谶”，批评谶纬，其事实显著，无可置疑。但古文家中亦有信奉谶纬、征引其说的。即使同一个人贾逵，他既有“斥图谶”的一面，也有窜文以“合谶”的一面。这说明信谶纬，今文家、古文家皆有；而辟谶纬亦是今文家、古文家都有。不存在把错过推给某一家的问题。由此可见，谶纬之学对当时经学的今古文两家均产生了影响，使得两家注经均不能脱离谶纬的影响。
蒙文通并于内学之中，一定程度的区分灾变律历之学与图谶之学，认为这是有所不同的两派。一个源于西汉，一个则盛行于成、哀以后的东汉，其道也不相谋。他说：
张衡言：“圣人明审律历，以定吉凶，重之以卜筮，杂之以九宫，经天验道，本尽于此。”此灾变律历之学自为一派也。又曰：“或观星辰顺逆，寒燠所由，或察龟策之占，巫觋之言，其所因者非一术也。立言于前，有征于后，故智者贵焉，谓之谶书。”此图谶之学，又一派也。又曰：“夏侯胜、眭孟之徒，以道术立名，其所述箸，无谶一言，刘向父子领校祕书，阅定九流，亦无谶录，成、哀之后，乃始闻之。”则纬学虽导源于西京，然西京为律历阴阳之学，而非成、哀以后东京图谶之学，其道固不相谋也。
认为灾变之学自董仲舒始言，所以其源于西汉，此派讲灾变律历，卜筮以定吉凶，经天验道，天人感应，是其特点。而图谶之学则兴盛于成、哀之后的东汉，此派通过观星辰顺逆、寒暑所由之迹，或察之以占卜巫术，以宣传宗教迷信预言，其特点是以所谓“立言于前，有征于后”的假象来使人相信。可见西汉的灾变律历之学与东汉盛行的图谶之学是有所不同的。
任何思想学说的出现都有它之所以形成和产生的原因，即使是荒诞的学说也不例外，没有一定的社会需要，它是不会产生，更不可能盛行一时的。蒙文通分析了图谶之学盛行的社会原因，它是统治者夺取天下，为自己的统治的合理性作论证的需要。他说：
律历五行为先秦之旧说，而谶记为汉季之伪书。王莽传：“孟通浚井得白石丹书，符命之起自此始。”莽又征天下天文、图谶、钟律、月令、通知其意者，光武以图谶兴，遂宣布图谶于天下，以故内学滋盛。樊鯈以谶记正五经异说，复诏东平王苍正五经章句，皆命从谶。盖俗儒趋时，益为其学，篇卷第目，转益增广，言五经者皆凭为说(《隋书·经籍志》文)。在西汉，仲舒之徒言灾变，其文皆别见《繁露》，公羊氏之《传》无之，至东汉何邵公之伦，则《演孔图》之类悉取以入《解诂》中，盖又承东平王苍之后，囿于以谶说经之习也。……图书古固有之，入后则并以之为谶。此桓谭所谓增损图书，矫称谶记，张衡所谓图谶成于哀平之际者也。下至东汉，谶说始入于经，王弼、杜预而后，乃一屏纬说，不更牵引，此又不可谓非子雍之长也。
指出谶记是汉代的伪书，它之所以能够得到流行，是因为王莽、刘秀为取天下而需要它。正因为光武帝是“以图谶兴”，所以诏令图谶行于天下，以至内学盛极一时，使得俗儒趋时，“以谶说经”。当时儒者樊鲦以谶记正五经异说，东平王苍也依据谶记正五经章句。如此用宗教神学解释儒家五经，其学益盛，凡言五经皆以谶纬为凭说。这种引谶入经之风，即使董仲舒也不为之。当时董氏言灾变，只见于自己的著作《春秋繁露》里，而《公羊传》则无之。但到了东汉何休，则将图谶之类入于《春秋公羊解诂》之中，蒙文通认为，这是囿于东汉的“以谶说经”之习。至东汉，谶说入于经，对经学产生了重要影响。然到了魏晋王弼、杜预之后，谶纬之说盛极而衰，“乃一屏纬说，不更牵引”。内学对经学的影响也告一段落。
虽然蒙文通对谶纬之学产生的社会原因作了分析，并批评了谶纬的流弊，但他对纬书却不排斥，并时有所征引。对宋以来视纬书为妖妄持有不同意见。他说：“自宋以来，尊《乐记》、《中庸》而轻视汉儒，是知二五而不知十；纬书更以妖妄鄙之，而未思是亦一时儒者之言，可以人而废言耶！”认为即使是纬书也是当时儒者之言而不可废，批评宋以来把纬书鄙之以妖妄。故蒙文通立论多引纬书之言，如“五际”说等。这与南宋理学家魏了翁注《九经要义》时，把纬书之言通通去掉而不引用的做法形成对照。
（四）经学的演变
蒙文通以自己的眼光略述了自汉末到明代经学的演变，以及经学研习风气之变迁。从一个侧面可以看出蒙文通的经学观。对于汉末郑玄之学、魏晋王肃之学、王学与郑学之争，以及郑学王学对南北学的影响、义疏之学的兴起、唐代学风的变化、异说与守学之争等由汉至唐整个汉学的发展演变，蒙文通用洗练的笔法作了高度的概括。他说：
郑玄括囊大典，网罗众家，冶今古两学于一炉。王肃难郑，一蹈郑失，或又甚焉。逮二家分行南北，河洛尚笃信康成，江左则不能确宗王氏。《宋书》谓：“江左儒门，参差互出。”盖群经集解，盛于一时，家学师法，扫地以尽。及今文章句沦亡，义疏遂猾起于齐梁之际。唐一区宇，孔颖达、贾公彦等制作正义，南北二学，遂合而为一，守学之伦，笃信奉之，莫敢同异。王元感长安三年表上《尚书纠缪》十卷、《春秋振滞》二十卷、《礼记绳愆》二十卷，并所著《孝经》、《史记》藁草。祝钦明、郭山恽、李宪等皆专守先儒章句，深讥元感掎摭旧义。魏知古、徐坚、刘知几、张思敬雅好异闻，每为申理，其论丧以三十五月为说，而张柬之破之。在唐之世，异说与守学争，自元感始矣。赵州啖叔佐善为《春秋》，考三家短长，缝绽漏阙，号《集传》，赵匡、陆质传之，遂名异儒。大历时，助、质、匡以春秋，施士匄以《诗》，仲子陵、袁彝、韦彤、韦茝以《礼》，蔡广成以《易》，强蒙以《论语》，皆自鸣其学。而士匄、子陵最卓异，唐之异儒，于斯为最，而经术遂一大变也。
郑玄作为两汉经学的集大成者，其学以融通今、古文学为特征。他遍注群经，受马融影响，以古文经说为主，兼采今文经说，进一步发展马融杂糅今、古文经学的倾向。其兼采今、古文学，打破了西汉以来的师法与家法，融通今、古文，自成一家之说。在经学上取得了重要成就。东汉末以后，郑玄之学成为显学。蒙文通以“郑玄括囊大典，网罗众家，冶今古两学于一炉”来概括郑玄之学，确如其言。而王肃之学则在魏晋之时盛行。与郑玄相似，王肃也是一位兼采今、古文的“通学”家。虽与郑玄之学有相似之处，但王肃却常与郑玄作对。魏晋之时，郑学与王学相争达一百多年。王肃虽标榜“专主古文”，但实际上却以非难郑玄、求异于郑学为目标。凡郑玄采用古文经说之处，王肃则以今文经说来反驳；凡郑玄采用今文经说之处，王肃则以古文经说来反驳，其目的在于驳郑，而未必专守古文经学。王肃在治经学上，“采会同异”，这与汉儒专守一家的治经路向不同，而体现了他博采今、古文的融通倾向。王肃之学被立于学官，一度压倒郑学，占据了学术文化领域的主导地位，而盛行于西晋。但郑学并未因王学的一度盛行而失传，在东晋时，郑学重又崛起，王学则失势，并因没有留下传世之作而影响渐小。可以说西晋重王学，东晋重郑学。蒙文通说：“王肃难郑，一蹈郑失，或又甚焉。”指出王肃非难郑学，结果比郑玄所失更甚。意即并未纠正郑学之失。到南北朝时，政治上南北对峙，经学也分为南学与北学。蒙文通指出，郑学、王学也分行南北，河洛北学尚信郑学，而江左南学则不能确宗王学，这与南学更多地受到玄学影响有关。可见两地之学各具特色。北学受郑玄之学影响较大，其传授的重点是训诂典章制度，不尚玄谈。走的是汉代笺注之学的道路，并加以发挥。其重要原因是北方少数民族入主中原后，受到了中国传统文化的深刻影响，因而倡导儒学，注重经术，根据经典的记述和要求，制定、建立国家礼仪制度，因此重视对经典的训诂考释，较多地继承了汉代训诂章句的传统。这是它与南学的不同之处。南学受魏晋学风的影响，讲经兼采众说，善谈玄理。又受佛学的影响，用义疏的形式疏解儒家经典。虽然南学、北学各具特色，但它们之间也有共性，均为汉学大系统的组成部分，所用五经注本也有相同。两地之学也都重义疏之学，义疏不仅起于南朝之齐梁，而且北朝经师也有以义疏解经的，如熊安生、刘焯、刘炫等。蒙文通所讲的“群经集解，盛于一时”和义疏学兴起，这确是魏晋南北朝时期经学发展演变的特色。杜预、范宁等为儒经作“集解”，从一个侧面反映了魏晋经学受东汉传注之学的影响，比较重视对前人所作之注的整理、集解和引证，并结合时代发展，加以新解，这也是魏晋经学的一个特点，并对后世产生了一定的影响。义疏则是南北朝经师受佛学影响，在治经方法上采用的一种广搜群书，补充旧注，究明原委，介于义理与训诂之间的对经文加以阐释的形式。义疏方法的共同采用，体现了南、北学的共性。从中国经学发展史的角度看，南北朝时的义疏之学，可以说是连接汉人注经与唐人疏注之间的桥梁。义疏之学的兴起正是在以往的“家学师法，扫地以尽，及今文章句沦亡”的背景下出现的。这有一定的必然性。
随着唐王朝统一天下，孔颖达、贾公彦等撰修《五经正义》，集南北朝以来诸家义疏之学之大成，经学也结束了南北分立的局面，而走向统一。《五经正义》虽然统一了对经义的疏解，但由于它坚守注不驳经，疏不破注的解经原则，而不利于新思想的发挥，故束缚了儒学的发展。由于《五经正义》仍沿袭以往的章句注疏之学，学者拘于训诂，墨守正义，如此严重束缚了人们的思想和创造力，使儒学发展停滞。而佛教、道教则发展日盛，无论在思想学术领域还是在政治领域都有很大的势力，整个儒家思想和儒家经学都遭受到了严重的挑战。由此产生了疑经之风，形成蒙文通所说的“异说与守学之争”。一般而言，异说代表学风的转向和疑经，由汉学向宋学的转变过渡；守学则代表传统汉学之陈见。
