以地域分今、古文经学的思想创自廖平。廖平在其代表著作《今古学考》中，以鲁学为今文经学，以燕赵学为古文经学，而以齐学为“参杂于今古之间”。他说：“鲁为今学正宗，燕赵为古学正宗。……齐学之参杂于今古之间。”蒙文通对此思想加以发展，并提出己见，而倡鲁、齐、晋之学。他说：
在这里，蒙文通把其师廖平所说的以燕赵学为古文经学的观点改为“古文乃梁、赵之学也”，而认为今文学来源于鲁学、齐学，是合鲁、齐之学而成；古文学依据三晋学而立，来自晋学，所以对今、古文经学均要超越，以复先秦齐、鲁、晋学之旧。他在《经学抉原》一书中具体作了论述：
今文之学源于齐、鲁，而古文之学源于梁、赵也。……古文之学来自梁、赵，孔氏学而杂以旧法世传之史，犹燕、齐之学，为孔氏学而杂以诸子百家之言，其离于孔氏之真一也。……井研先生以今学统乎王，古学帅乎霸，齐、鲁为今学，燕、赵为古学，详究论之，赵魏三晋为古学。……今文之学，合齐、鲁学而成者也，古文学据三晋学而立者也。今古学门户虽成立于汉，然齐、鲁以并进而渐合，晋学以独排而别行，则始于秦。言今、言古，终秦汉以后事，皆无当于晚周之旨也。
蒙文通发挥师说并加以一定的修正。廖平以鲁学为今文经学，以燕赵学为古文经学，齐学杂有今、古文经学。廖平这一以地域分今、古文经学的思想虽有一定的道理，但也不尽然。他以齐鲁之地的鲁学、齐学为今文经学，还是比较符合事实的。但以燕赵为古文经学之地，却少有根据。如燕人韩婴传《韩诗》，广川人董仲舒治《公羊春秋》，皆为今文经学。蒙文通将其师说“详究论之”， 而将“燕、赵为古学”，改为“赵魏三晋为古学”。这一改动虽与廖说有异，但却体现了蒙文通所主张的超越秦汉之后的今、古文学，直求晚周儒学之旨的思想。蒙文通倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古的思想，其重要目的还在于“由明经进而明道”，通过探明地域流传的儒学流派，来分辨孰为孔孟正宗、孔学嫡传，推本邹、鲁正学之宗以明道，修正齐、晋派及受其影响的汉人之今、古文经学“离失道本”的偏差。他说：“孟子是邹鲁的嫡派，他说的礼制都是和鲁学相发明的，《孟子》和《穀梁传》这两部书，真要算是鲁学的根本了。……孟子以后还有两个大儒，便是荀子、董子。荀子是三晋派的学问大家，董子又是齐派的大家，他们是齐、晋派里面讲孔学的特出者，但是于道之大源不免见得不很明白，便也是齐、晋两派不及邹鲁嫡派的地方。汉人的今文学是齐派占势力，古文学是晋派占势力，孔学的真义自然是表现不出来的了。也和《左传》、《公羊》杂取霸制，不及《穀梁》独得王道的一样。今文派是主《公羊》，古文派是主《左传》，这哪里还见得出什么王道来！”在弄清今、古文学的地域思想文化传承的基础上，超越今、古文学，复归孔学正宗，以明经学之道，这即是蒙文通当年倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古思想的重要目的。
蒙文通认为，鲁、齐、晋之学虽都是孔学的流派，但由于流传和地域文化特色的不同，其所形成的派别及其学派特征亦不同。其中“鲁学是六经的正宗，孔子的嫡派，是醇正谨守的”。而齐学则是孔子六经传到齐国稷下，与诸子百家之说相互混合所形成的流派。晋学则是孔子学说传到三晋，与三晋古史结合起来所形成的流派。蒙文通借庄子对当时学术的分类，把鲁、齐、晋之学各自的学派特色作了一定的概括。他说：
庄子把当时的学术平行记述，分为三类：旧史为一类，《诗》、《书》、《礼》、《乐》为一类，百家为一类。《诗》、《书》自以邹鲁为嫡派，旧史恐怕就算三晋了，百家之学恐怕齐为最备了。是鲁学、齐学、晋学三派，就是《诗》、《书》和百家和古史三派了。邹鲁派的学术传到齐国，便和百家言淆混起来，于是便有齐学；邹鲁的学术转到三晋，便和古史派淆混起来，于是孔门便有晋学。孔子的学术，除一个嫡派鲁学外，又有两个支派，一个便是齐学，一个便是晋学，三派各有他们的本来面目，分户别门，真是离之则两美；到他们都与孔学混合，古史、百家二派便渐渐的湮没，孔经的本来面目亦被他们混乱，便分争不休，这真是合之则两伤。齐人百家言与孔学淆混便成了齐学，后来齐学又和鲁学结合起来。
由此可见，蒙文通倡鲁、齐、晋之学，是以鲁学为正宗，为谨守孔子思想的嫡派；而齐学则与诸子百家之学混合起来，齐学和晋学一起构成孔子学术的“两个支派”。“鲁学是谨守师传的，齐学是杂取异义的，齐学自然不及鲁学醇了”。齐、鲁两派的不同特色是，“鲁学是谨守旧义的，齐学是博采杂说的，一个纯笃，一个浮夸，这便是他们的大区辨了。”鲁学的醇正与齐学的驳杂形成鲜明的对照。究其原因，蒙文通认为，齐学之所以驳杂，是因为齐为百家所聚萃，齐学涵盖了诸子之学，儒学仅其一，齐学在来源上并不仅为孔子之学，而是包括了百家。他说：
言六艺者，鲁人之学，非齐人之学也。以稷下先生考之，齐人之学，本以诸子为最盛。孔氏之徒，孟子、孙卿之列，偶有厕身其间者而已。《史记》言：“齐自威王、宣王之时，喜文学游说之士，自如邹衍、淳于髠、接予、田骈、慎到、環渊之徒七十六人，皆命曰列大夫，不治而议论，为开第康庄之衢，高门大屋尊宠之。”则齐学尊百家言可决也。考稷下先生之可见者约十数人，以司马谈所列六家分隶之，曰邹衍、邹奭，此阴阳家也；曰孟子、荀卿，此儒家也；曰宋钘，墨家也；曰尹文，名家也；曰慎到、田骈，此法家也；曰接予、環渊，此道家也。惟田巴、徐劫、持说不可知，儒家鲁连、名家兒说，亦在稷下。明齐学备六家，而儒其一耳。孟子为卿于齐，荀卿三为祭酒，郑氏《书赞》谓：“先师棘下生亦崇此学。”孔氏之学，于时遂流入于齐，别为齐学，与鲁人六艺之学有别。
蒙文通对稷下学者加以考察，指出其中的邹衍、邹奭为阴阳家；孟子、荀卿为儒家；宋钘为墨家；尹文为名家；慎到、田骈为法家；接予、環渊为道家。可见齐学备六家，而非儒学之一家。在这里，蒙文通一方面认为孔子之学流入于齐，为齐学，齐学是孔子学术的一个“支派”；另一方面又认为，齐学涵盖了诸子之学，而儒学仅是其中的一派，齐学在来源上并不仅为孔子之学。这两种看法似乎有些矛盾。然而蒙文通是站在整个先秦、秦汉文化的角度来讲齐学、鲁学的。齐学是诸子学的聚萃，儒学仅其一，其所谓齐学并不单纯是儒学、儒家经学之一派，而是诸子之学。把诸子之学的齐学与作为孔学“支派”的齐学相提并论，由此与作为孔学正宗的鲁学形成对比。这是从更大的视野讲广义的经学。
蒙文通认为，孔子学术的另一个支派便是晋学。晋学的特点是与古史派混淆起来，其原因在于“晋国的学问，根本是古史，孔子的弟子后学如像子夏、李克、吴起一般人，都显重于魏，孔子的学问自然也就传到魏去。在这里，二者便化合起来，这一派的孔学，便又不是纯正的孔学，孔子的学问里边混入了许多古史的说法。其实，孔氏之学是和古史不同的”。也就是说，邹鲁派的学术传到三晋，与古史派混淆而成为晋学。与今文学为糅合齐、鲁两学而成不同，古文学则是依据三晋学而立。他说：“今文之学，合齐、鲁学而成者也，古文学据三晋学而立者也。今古学门户虽成立于汉，然齐、鲁以并进而渐合，晋学以独排而别行，则始于秦。言今、言古，终秦汉以后事，皆无当于晚周之旨也。”认为今、古文学之分，是秦汉以后的事，而齐、鲁、晋之学则是晚周流行的学派，所以对今、古文学均要超越，以复先秦齐、鲁、晋学之旧。晋、鲁之学的区别在于，“三晋以史学为正宗，鲁人以经学为正宗”。以重视史学与重视经学把晋、鲁之学区别开来。齐、鲁、晋三学相比较，“齐人之学，尚与鲁近，而晋、楚乃绝异也。此秦、汉之并取齐、鲁，而独排他方者耶？”认为尽管齐、鲁之学也有不同，但两学尚比较接近，而与晋、楚之学则相差甚远。所以这也是在秦汉之时，并取齐、鲁之学而排斥古文晋学及其他学派的原因。由此，蒙文通叙述了晋学在秦汉时遭排斥的情形。他说：
今文一派，是从秦起的。秦始皇最排斥的是那一派呢？……这样看来，始皇最疾恶的是《周官》，是古史的一派，就是最排斥的是三晋派。《诗》、《书》、百家语，秦是不曾焚的。汉时传于民间的古学一派，便是始皇所最排斥的那一派。今、古两派之分，就是从始皇起的，汉朝不过是随着他来罢了。讲今学、讲古学，是汉人的说法，是秦以后的说法，是讲不到六国时的。因为汉学的根本只是沿着秦而来的：六国的学术，只有汉初诸王那里还有些，但是都被朝廷压抑下去了。三晋一派古史的学术，河间献王那里尽有，他还立了《左氏》、《毛诗》博士。到献王遭武帝忌刻忧死以后，毛公、贯公这批人也就散在民间，《周官》一派的书，也就没人传习了。
认为秦始皇最疾恶就是三晋古史一派，对其代表作《周官》加以排斥。而汉朝对流传于民间的晋学古文的排斥也是继承了秦始皇。并认为今、古文两派之分，从秦始皇就有了，汉代讲今、古文学的对立，也是随着他而来，以致《周官》古文派的书无人传习。不仅秦始皇排斥晋学，而且蒙文通也认为“三晋的学问正是和孔子背道而驰的”。蒙文通关于今、古文两派之分及今、古文经学的对立始于秦始皇的说法，与学术界在此问题上一般认为的观点有异。学术界一般认为，在西汉末以前，并无所谓今、古文之争的问题。到了西汉末，刘歆才提出“古文”一词。与“今文”相对应，于是有了今、古文经学之争。西汉学者治经，以今文为主，即使东汉初所立的十四博士，也均属今文。而古文经学所依据之古文经书在西汉时，藏于秘府，少有人知，亦说阴行于民间，其后刘向、刘歆父子领校秘书，才得以传出，依据这些古文典籍，才形成古文经学。这一见解与蒙文通的说法存在着差异。
不仅如此，蒙文通还提到了汉代很受尊崇的学术是申公、穆生一批经学家，枚乘、邹阳一批辞赋家和道家，却不提最受尊崇的董仲舒的齐学。他说：“当时的学术，只有在楚的申公、穆生一批经学家，和在吴梁的枚乘、邹阳一批辞赋家和道家，这几派很受汉朝的尊崇。在汉一代，只有他们是很盛的，别的学术都一齐绝灭了。”这里提到的申公为西汉今文诗学《鲁诗》学的开创者，鲁人，受学于齐人浮丘伯，后任楚王太子刘戊师，戊不好学，恨申公。刘戊为楚王后，申公遭腐刑。申公归鲁，以《诗经》故训教授学者。其弟子王臧、赵馆被窦太后逼自杀。申公亦病免归。其弟子为博士者多人，唯江公能尽传其学。虽然申公在当时影响较大，受到一定的尊崇，但蒙文通却不提更受尊崇的董仲舒及其《公羊春秋》学，或是认为鲁学比齐学更为纯正。
蒙文通对鲁学、齐学的划分，不限于传经者是否为齐、鲁之士，而以治学旨趣来区分。他说：“齐、鲁治学，态度各殊，《公羊》、《穀梁》、《易》、《书》之学，在汉传之者非特齐鲁之士，盖以合于齐人旨趣者谓之齐学，合于鲁人旨趣者谓之鲁学，固不限于汉师之属齐、属鲁也。”以治学态度、旨趣来区别齐、鲁之学。这个治学旨趣在蒙文通看来，即是齐学杂取异义，而鲁学笃守师传，齐学不如鲁学之纯正。蒙文通自认为，他的这一划分是与近代讲经的先生不同。他说：“齐学、鲁学的划分，我上面所说很和近代讲经的先生们大不同。他们的划分虽然各人不同，但大都是根据汉初经师是某地域的人来分划的，但完全这样分却未必得当。……任他哪一种学问，从六国传到汉初，没有不经过几国人的手的。我辨别齐鲁学是从他学问起源的地域分，根据他的主义来分，而不问在汉初是某国人传出来的。”这是以学问起源的地域与其主义的性质相结合来划分齐学和鲁学，既不完全取决于地域，也不是不讲地域，而是以该学术的旨趣、主义来自于何地，来认定其学为何学。
蒙文通在经学研究中，倡鲁、齐、晋之学，根据各派所传之学的源流地域及治学旨趣来探讨和划分鲁、齐、晋学的性质、特点及相互关系，这对于丰富经学发展史的研究内容，拓宽研究领域，是有其重要意义的。
（三）内学
所谓内学，指谶纬之学的别称。谶纬之书多有图画，故又称图谶。谶和纬既有密切的联系，又有所区别。谶和纬虽分别产生较早，但谶纬之学作为一种儒学与神学相结合的学术思潮形成于西汉末年。内学的产生及其影响在经学发展史上占有一定的地位。
谶作为一种宗教迷信预言，源起于秦汉之际，当时的方士不断造作谶语，以“预示吉凶”，然其言简短不成文。至西汉成哀之际，出现谶书的造作，其后王莽、刘秀、公孙述各自制作谶书、谶语，为自己夺天下制造舆论。由于汉代盛行天人感应说，谶托名天意，因而具有极大的权威性和欺骗性。纬相对于经而言，是用谶的宗教神学来解释附会儒家经典。受谶的影响，儒家学者托名孔子，制造与谶相类的纬书而出现在西汉。东汉光武帝时又编成《七经纬》三十六篇，以谶纬都出自孔子，提高纬书的地位，并诏令天下，成为内学，盛极一时，其地位有超出经学之上的趋势。纬书地位的提高，与西汉统治者接受董仲舒的建议，罢黜百家，独尊儒术，经书的地位大为提高有关。于是，神化孔子和经书，附会经义的纬书也应运而生。
蒙文通对纬书虽不完全排斥，并时有所征引，但对谶纬之内学也作了认真考察，在他的重要经学著述《经学抉原》中专辟“内学”一节，提纲挈领作了论述，并探讨了谶纬之学对经学发展所产生的影响。可见其对在经学发展史上与经学发展有密切关系的谶纬之学的重视。
蒙文通认为，内学之所由立，与汉师传经时并传灾异之说有关，而灾变说自董仲舒始言。他说：“经师而言灾变，自仲舒始也。……汉师传经，虽并传灾异五行之说，经则遍授弟子，灾变实不以遍授弟子，故仲舒箸论，吕步舒不知其师书，以为大愚，此固内学之名所由立也。”所谓灾异之说，指天通过发生特异的自然现象，如水灾、地震、日月食等，对人示警或惩罚。即上天对人，经常通过自然界的灾异变化来进行谴责，以示警告，使其符合天意。灾异说通过迷信的方式把本不相干的自然灾变与社会人事混为一谈，以说明天与人事有着必然的联系。灾异说与当时盛行的天人感应说相关。蒙文通指出，汉师传经有两种情况，一是对所有的弟子都传经，二是在对所有弟子传经的同时，只对部分弟子传灾异之说，故有的弟子并不知道其师还另传有灾异说。就灾异说只是对部分弟子传授而言，称之为内学。
