康熙十五年（1676）二月，尚可喜病重，其子尚之信决意投降吴三桂，发兵往围尚可喜住处，接受吴三桂“诏讨大将军”称号，易服改帜、反叛清朝。康熙认为，尚之信内部矛盾重重，实力不强，吴三桂对他只是利用而已，不会真正信任他，只要顺利解决福建问题，广东自会投降。于是加紧招抚耿精忠的活动，早在耿精忠叛乱不久，康熙即派人传谕耿精忠，如能革心投诚则视之如初。时郑经乘机返回大陆，占据耿精忠后方，康熙采取远交近攻策略，默许郑经行为。到这年六月，耿、郑矛盾尖锐起来。在强大的政治和军事的攻势下，十月初四，耿精忠率文武官员出城相迎。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率部随大军征剿郑经，将郑经赶出泉州。福建、浙江相继平定。
是年十月，尚可喜去世，尚之信遇到重重阻力。耿精忠降清，尚之信感触很深，加之吴三桂并不信任他，尚之信主动派人持密书至清简亲王喇布军前请降。到康熙十六年五月，陕西、福建、广东相继平定，康熙开始了对吴三桂的围攻。
曾经嚣张一时的吴三桂在康熙周密的部署和接连打击之下，见大势去，还想垂死挣扎，急急忙忙演出了登基称帝的丑剧。康熙十七年（1678）三月，吴三桂派人在衡阳草草修建了百余间庐舍，用黄漆涂刷房顶权做皇宫。吴三桂匆匆登上了临时搭成的祭坛祭祀天地，改国号为周。此时，清军的攻势更加锐不可挡，吴氏小王朝日益陷入内外交困的境地。年已67岁的吴三桂惶惶不可终日，突患中风死去，仅仅做了不到5个月的“皇帝”。吴三桂死后，由儿子吴世璠（fān）继皇位。
康熙十九年（1680）年，康熙下令清军分三路进军吴三桂的老巢云南，向叛军发起总攻。不久清军攻入云南，将叛军的老巢昆明包围得水泄不通，守军大都投降。吴世璠走投无路，最后只好服毒自杀。康熙二十年（1681），历时八年、祸及大半个中国的三藩之乱终于被平定了。
三藩之乱被平定后，康熙决意收复台湾。当时统治台湾的是郑成功12岁的孙子郑克。
台湾降将施琅被康熙任命为水军提督，负责收复台湾。三藩基本平定后，康熙接受了福建总督姚启圣的建议，决定乘郑氏集团内乱的时机用武力收复台湾。
施琅走马上任后，立即着手调整兵力，训练水师。为了等待适当的时机，出师时间一拖再拖。转眼到了康熙二十一年（1682），一时群言四起。这期间，施琅与姚启圣又在进剿战术安排上意见相左，施琅三次上书要求授予他专征权，由他统领军队自行进剿。尽管康熙对一再推迟出兵也有不满，但他没有被舆论左右，考虑到海战须避风浪，事先很难猜度，他采取了十分慎重的态度。他用人不疑，为了确保战斗胜利，同意了施琅的请求，给予他专征大权。
康熙二十二年（1683）七月，施琅率领两万多名官兵，分乘230多艘战船，直捣澎湖。战斗从清晨一直持续到傍晚，矢石如密集的雨点，炮火遮住了天空。经此一战郑军主力几乎全军覆没，台湾的门户被打开了。困守孤岛的郑克见大势已去，不得不派人向清军送上降表。施琅率领的清军在鼓乐声中登上台湾岛，郑克率属下列队恭迎。至此，台湾与大陆重新统一。
康熙为治理台湾，在台湾设立台湾府和台湾。凤山、诸罗三县，并向台湾派遣8000名驻兵，向澎湖派遣了2000名驻兵。这样就大大增强了东南海防，并且促进了台湾经济文化的发展。
激战雅克萨平定噶尔丹
十七世纪，沙俄将侵略魔爪伸向了东北这块肥沃的上地。沙俄的侵略，是康熙的心腹大患。亲政以后，他便密切注视着沙俄的侵略活动，多次派人了解东北地区的地形、交通及风土人情各方面的情况。但由于当时先是明末农民起义未平，后又有三藩之乱，康熙对沙俄侵略的反击还顾不上。
沙俄趁清政府全力平定三藩收拾残局，收复台湾等用兵之际，扩大了对中国北方领土的侵略。在沙俄无意和谈而且侵略活动日益扩大的情况下，康熙决定进行武装反击，驱逐沙俄侵略者。
到康熙二十二年（1683），黑龙江流域中下游地区的沙俄侵略者基本被肃清，只有雅克萨还被沙俄侵略者盘踞着。
在黑龙江地区各族人民的支持下，清军为收复雅克萨做了大量准备。清军在进攻雅克萨前遵照康熙的谕旨，向沙俄一再表示和平解决边界问题的愿望，但沙俄方面置之不理，仍然继续在雅克萨进行战争准备。康熙二十四年（1685）六月，清军兵临雅克萨城下。
打响了第一次雅克萨战役，清军大获全胜，沙俄侵略军狼狈逃窜。
第一次雅克萨战役的战火刚刚平息，托尔布津等残匪又纠集尼布楚的援军卷土重来，窜回雅克萨。消息传到北京，康熙又命令萨布素从水陆两路再次向雅克萨发起猛攻。康熙二十五（1686）年，第二次雅克萨战役打响，托尔布津被击毙。迫于清军强大的攻势，俄方不得不同意通过谈判和平解决边界问题，清军于是解除了对雅克萨的包围。此后，中俄双方各自派遣代表团举行会谈，于康熙二十八年（1689），双方签订了《中俄尼布楚条约》，它带来了中俄东部边境100多年的和平，也成为康熙抵御沙俄侵略、维护和平和国家主权的历史记录。
康熙收复雅克萨之后，立即着手平定噶（ɡā）尔丹分裂祖国的叛乱。噶尔丹是漠西厄鲁特蒙古准噶尔部的头领。康熙十年（1671），噶尔丹用武力并吞了厄鲁特蒙古的其他各部，占领了青海和新疆天山以南的广大地区。此外他还勾结沙俄攻打已经归附清朝的漠北喀尔喀蒙古。
康熙二十七年（1688），噶尔丹向喀尔喀蒙古发动了突然袭击。他配合沙俄侵略者攻入内蒙古地区，击溃了土谢尔汗的蒙军，将库伦城化作一片废墟。在追击喀尔喀蒙古的途中，噶尔丹叛军大肆烧杀抢掠，人们丢下帐篷器具、马驼牛羊，昼夜不停地向南逃命，这时沙俄乘机胁迫喀尔喀蒙古的上层人物叛国投俄，遭到了宗教首领哲布尊丹巴等人的坚决抵制。在哲布尊巴丹的率领下，喀尔喀蒙古归附了清朝。康熙二十九年（1690），噶尔丹以追击喀尔喀蒙古为名，再次发动武装进攻。他带领的两万名叛军自呼伦池南下，叛军的前锋一直打到距离北京仅900里的乌珠穆沁，京师震动。
面对严峻的形势，这年六月，康熙亲临狂风怒号、惊沙扑面的塞北，指挥大军迎战噶尔丹。八月，清军在乌兰布通与叛军交战。噶尔丹依山面水布下“驼城”，用来抵挡清军的攻势。“驼城”是将骆驼捆绑落地，在驼背上堆放箱垛，再裹盖湿布布置而成。叛军认为‘驼城”坚不可摧，易守难攻，可是在清军猛烈的炮火攻击下，不仅没有成为堡垒。反而成为叛军逃跑的障碍。由于康熙身患重病，清军只好班师回京。此后在康熙三十五年（1696）和康熙三十六年（1697），康熙又两次率兵亲征，诛杀了噶尔丹，彻底平定了噶尔丹发动的叛乱。
此后，沙俄又扶植策旺阿拉布坦和西藏反动奴隶主叛乱，也被康熙派兵击败了。至此，中国各民族要求统一和安定的愿望终于实现了。中国辽阔的疆域版图就在这个时期基本奠定。
整饬吏治广揽人才
康熙深知，贪官污吏的勒索和压榨是激起民变的直接原因，为了清王朝的长治久安，他十分重视整饬（chì）吏治。他采纳了“民生安危视吏治，吏治贪廉视督抚”的建议，特别注意处置腐败的高级官吏。
湖广总督蔡毓（yù）荣在平定三藩时任绥远将军。接受攻打吴氏巢穴昆明的命令之后，他按兵不动。等他入攻破城池，他反而大肆抢掠本应充公的吴氏财物，然后对贵戚重臣广行重贿，将他人战功贪为己有，竟然由此升官进爵。蔡毓荣的罪行败露后，被判处绞刑。
在惩治贪官的同时，康熙多方扶持清官廉吏，大加褒扬，以起到移风易俗、扶正抑邪的作用。但在当时贪风盛行的官场上，为政清廉者实属凤毛麟角，因此康熙一朝大树廉吏的榜样。被康熙誉为“天下廉吏第一”的于成龙就是一个受百姓爱戴的清官。康熙十四年秋天，黄州发生了严重的自然灾害，于成龙发放的赈济粮救活了几万灾民的性命。后来他离开黄州赴福建按察使任所时，几万黄州百姓送行到九江，哭声与江涛声连成一片。于成龙的廉能勤政，深得康熙赞许。康熙二十年，他特地在懋（mào）勤殿召见于成龙，称他为“当今清官第一”、还赏赐白金、良马、御诗等，勉励他始终如一，保持气节。于成龙自此为政更加勤勉。他善于微服私访，升任两江总督后，属下官吏不敢为非作歹，不久江南风气大为改观。他去世后，遗物只有一袭棉袍和一些盐鼓。康熙感慨不已。为了使廉风发扬光大，康熙特地为于成龙题了“高行清粹”四个大字，心痛地说：“当今像于成龙这样清廉的人恐怕难找一个。”
重农贵粟兴修水利
在进行统一斗争的同时，康熙还积极谋划恢复和发展生产，并取得了很大的成功。在发展社会经济方面，康熙采取了一系列适应当时年代的措施。
1669年，康熙清除鳌拜后下诏停止满族贵族的圈地活动，规定当时所圈土地，立即归还农民。同时又采取了奖励垦荒的措施，对中小地主垦荒成绩大的授予官职。康熙还发布命令，承认部分中小地主和农民对明代废藩土地的所有权。即改为“更名田”，自己开垦的土地归自己所有。康熙还十分注意边远地区的开垦。在康熙奖励垦荒政策的推动下，全国耕地由527万顷增加到851万顷。
康熙恢复发展农业经济的另一项主要措施就是兴修水利，治理黄河、淮河和运河。康熙任命靳（jìn）辅等为河道总督，用疏通和筑堤相结合的办法治理黄河，恢复黄淮故道，使黄、淮一带在此后较长一段时间内，免除了水患的威胁。康熙的6次南巡都以巡视治河工程为重点，对治河是很大的推动。他对治河的具体措施认真研究，提出了一些很有见地的意见。第三次南巡时，他沿途亲自用水平仪进行测量，发现黄河河床高于两岸田地，指出这是产生灾害的根源，要根治水患，必须深挖河道。他提出用木制的立体治河模型代替平面图纸，以便制定更切合实际的治河方案。他乘坐小舟，不避风浪，亲自察看水情。康熙还亲自主持了浑河的修治工程。浑河素有“小黄河”之称，经常改道，危害沿岸百姓的生命安全，有时还直接威胁京城。康熙曾经13次巡视浑河，经过试验确定了治河方案。在康熙的督促下，浑河治理工程于康熙四十年（1701）竣工，浑河遂改名为永定河。治理后的浑河堤岸坚固，两岸是百姓新盖的房屋和茂盛的庄稼，出现了一派繁荣景象。
康熙身体力行，他亲自调查和研究治河，对治河工程的迅速竣工起了推动作用。
康熙在治河的同时，还实行了轻徭薄赋、减免钱粮、救济灾民的措施。1712年（康熙五十一年），他宣布全国赋税以康熙五十年为准，以后所增人口不再多征，称为“盛世滋丁，永不加赋”。康熙末年，在四川、广东等省又实行“摊丁入亩”、“丁随地起”的办法，后来推广到全国。
在恢复发展生产的同时，康熙还采取了惩治贪污、厉行节约的政治措施。在他执政期间，惩治了很多贪官，对操守廉洁的清官则予以奖励和提拔。他本人生活简单朴素，这成为清代诸帝的楷模。他要求政府机构压缩开支，对开支制度实行严格的检查，命令户、工两部所用钱粮“十日一次奏闻”。但对于治河修桥诸事，即使开支数百万两巨资，也从不吝惜。
康熙，为巩固国家的统一，恢复和发展社会经济作出了杰出的贡献。他能够顺应时代潮流，顺应民意，创造了封建社会后期政治安定统一和经济繁荣昌盛的空前局面，是“康乾盛世”的奠基者。康熙在位61年，建立了丰功伟绩，把清王朝推向了强大和兴盛的局面，他是我国历史上最杰出、最有作为的皇帝之一。
