虽然年轻时候留过洋，不过人们眼中的段祺瑞，从来不是一个有着翩翩风度的场面人物，他的随意和散漫，以及他呈现的朴实与不拘小节，更像是老家合肥乡村随处可见的农民。段祺瑞一点也不像当年的李鸿章和袁世凯，李鸿章倜傥儒雅风度翩翩自不用说，即使是袁世凯，虽然身材不高，不过仍以霸气和沉稳展现出强大气场。除此之外，李鸿章和袁世凯还有着很强的幽默感，有着轻松驾驭人与事的个人魅力。相比之下，段祺瑞的拘谨和执拗更像一个实心眼的老农，即使是年轻时，也是邋里邋遢、衣冠不整，即便西装、军装和礼服，穿在他身上也显得皱巴巴，全没有挺括的样子，至于领带，段祺瑞从不会摆弄，每次别人给他系好，不到一袋烟工夫，便会别扭地歪在一边。段祺瑞平时喜欢随意裹个便装，在家时经常穿一件长衫，头上顶着个没有纥缝的瓜皮帽。段祺瑞还有一个特点，从不和家里人一同进餐，单开伙食，对于饮食也不讲究，有个一荤两素就对付过去了。民国之初很多政要都有两个爱好：一是听京剧，很多人都将名演员谭鑫培、梅兰芳、杨小楼等人请到家中唱堂会；二是鸦片嗜好，或者独自，或者邀上好友躲在家中吸大烟，一边吸一边谈事。段祺瑞没有这些爱好，既不喜欢听京剧，对于鸦片也没有兴趣，更厌恶别人抽大烟。段祺瑞的爱好就是打牌下围棋，有时候也写诗作文。至于性格，段祺瑞似乎一直带有某种军人的坚硬和古板，不苟言笑、不怒自威，对待手下要求严格，爱较真。这样的性格，使得段祺瑞除了北洋系以及一帮熟人之外，很难交到新朋友，尤其是知识界，总存有无形的距离。性格的因素，也是后来段祺瑞与知识界交恶的重要原因。
如果说黎元洪藏巧于内、露拙于外，那么，段祺瑞给人的印象，更像是个“权谋”之人，
精干、执着、生硬。段祺瑞隶属“皖系”，这个派别可追溯到晚清以来最根深蒂固的派别淮军。1861年，合肥人李鸿章以安徽地方团练为基础组建了淮军，后来它慢慢发展成晚清最重要的军事力量。在此之后，李鸿章又以淮军为基础组织了北洋水师。袁世凯也与淮军有千丝万缕的联系——袁世凯小站练兵时，北洋军中的骨干很多就是淮军子弟。晚清民国初年流行一句话，“无淮不成军”，意为没有安徽人就构不成军队，这是以当时清军和北洋军的状况为例。话虽有几分夸张，却在一定程度上反映了那个时代安徽人在军队中的状况和影响力。就像明末清初“无徽不成镇”的谚语一样。只不过经商是自明中叶之后形成的传统，而从军，则是晚清之后的风气。
段祺瑞是名副其实的淮军后代。段祺瑞的祖父段佩虽然不如乡人刘铭传、张树声、周盛波等人声名显赫，但也曾官至淮军统领，官居一品。段祺瑞自小随祖父在军营长大，耳濡目染，使得段祺瑞有种天生笼络下属的本领，同时，具有草根经验，工作勤勉，才智出众，敢于担当，有主见，讲义气，有威信，不贪财，不贪色。在被李鸿章看中送到德国学习军事回国之后，段祺瑞成为了北洋武备学堂的得力干将。袁世凯组织小站练兵，段祺瑞成为了袁世凯最得力的助手和亲信之一。这等经历，使得段祺瑞在北洋军中享有较高威信，在江淮子弟中，也得到很强的认同。
当初，北洋的领袖当仁不让是袁世凯，段祺瑞等人在袁世凯面前，资历还是浅了不少。段祺瑞只能名列“北洋三杰”——跟王士珍、冯国璋平起平坐。具有相当资历或较逊一点的，还有陆建章、段芝贵，以及不算是北洋系的张勋等。与王士珍、冯国璋相比，段祺瑞在北洋中的根基要深很多，性格也执拗得多——王士珍为人淡泊寡欲，自袁世凯后期起基本退出政坛；冯国璋虽有心机，也有抱负，但为人比较随和，权力欲稍弱。袁世凯担任大总统后，段祺瑞一直作为他最信任的人和助手，控制着北洋政府的政治大权，
影响力遍及军队以及政府的内务、财政、交通以及国务院秘书厅、京汉铁路、官办企业等等，袁世凯死后，北洋格局“群龙无首”，实权在握的段祺瑞顺理成章成为北洋系的实际接班人。
段祺瑞出任新内阁总理之后，首当其冲是以中央政府任命地方军政长官的方式，显示新一届内阁的权威，加强对各省的控制和管理。按照黎元洪和段祺瑞的执政思路，各地方第一步是军政分开，淡化军人对地方的影响力和控制力；待时机成熟时有意选择探索美国式“联省自治”。这样，有关地方各省行政长官的人选，变得尤为重要。当时，全国主要存在三股武装力量：一是北洋军系统，包括依附于北洋集团的张作霖、阎锡山等地方势力，这一部分武装力量拥有众多军队，占据了东北、华北、西北、华中、华东大部；二是进步党和西南实力派的武装力量，占据着云南、广西、贵州、四川四省，以及广东绝大部分地区和湖南部分地区；三是国民党的武装力量，占据着广东东部地区以及湘西、长沙一带。三股力量中，以北洋派实力最为雄厚，占绝对优势；其次，是西南实力派，拥有一定兵力；至于国民党及其军队，组织不严密，根基也不牢固。由北京政府进行新一轮任命的全国各省军政长官如下：张作霖为奉天督军兼署省长；孟恩远为吉林督军，郭宗熙为省长；张怀芝为山东督军，孙发绪为省长；赵倜为河南督军，田文烈为省长；阎锡山为山西督军，沈铭昌为省长；冯国璋为江苏督军，齐耀琳为省长；张勋为安徽督军，倪嗣冲为省长；李纯为江西督军，戚扬为省长；李厚基为福建督军，胡瑞林署省长；吕公望为浙江督军兼署省长；王占元为湖北督军，范守佑为省长；陈宧为湖南督军兼署省长；陈树藩为陕西督军兼署省长；蔡锷为四川督军兼署省长；陆荣廷为广东督军，朱庆澜为省长；陈炳焜为广西督军，罗佩金为省长；唐继尧为云南督军，任可澄为省长；刘显世为贵州督军，戴戡为省长；朱家宝为直隶省长兼署督军；毕桂芳为黑龙江省长兼署督军；张广建为甘肃省长兼署督军；杨增新为新疆省长兼署督军（陈宧未到任前陆荣廷暂署湖南督军，陆荣廷未到任前龙济光暂署广东督军）。
上述除陕西督军陈树藩是袁世凯死后由段祺瑞任命外，其余十三省任命的督军系原来本省的将军。由于基本维持现状，总体形势比较平稳。段祺瑞人事任命受到抵触最大的，是在国民党人控制的湖南地区，他对汤芗铭和陈宦的任命，因护国军的强烈抵制不得不流产。国民党人和部分湘军都欢迎刚从日本回国的黄兴出任湘督。黄兴不肯就职，推荐谭延闿或蔡锷出任。权衡之下，段祺瑞任命“老好人”谭延闿担任此职。多事的湖南在人事问题上的起伏，为后来的事端埋下了伏笔。
新成立的民国政府，在承接清廷偌大版图和权力的同时，不可避免地还承接了千疮百孔的社会，以及入不敷出的财政。此时孱弱的国家机器显然没有能力支配恩典赈济、荣誉和金钱，就对社会的控制而言，它所掌握的资源、手段以及诱惑也远远不济，这使得在此基础上的管理显得破碎而孱弱。从清朝中后期开始的入不敷出举债度日，虽一度好转，但到了民国时期仍是捉襟见肘，连最起码维系的能力都没有达到。她貌似那么强大，实际上如此脆弱，命悬一线。等到段祺瑞真正到了内阁总理位置上，面对千头万绪一地鸡毛，这才有了比别人更痛心疾首的感触：穷家难当，烂摊子难收拾。万千烦恼中，最根本的有两点：一是权威不足。如果说当年的袁世凯还尚有一些权威，足以威慑地方政府抗命，那么此时的中央政府更是有名无实，以其实力和手段，已很难让各地方政府听命了。二是手中没钱。袁世凯统治时期，各省税款还能交一部分至中央，袁世凯死后，各省基本不把中央当回事，几乎无人上交税收给国家。支持中央财政的只有两个细小的来源：一是来自关余和盐余，也就是关税和盐税扣除庚子赔款后剩余的那一点钱；二是来自交通部的收入，即几条铁路，比如京汉铁路、京浦铁路和京张铁路的收入。除此之外，就是北京地区的一些零星税收。堂堂中华民国政府，仅靠这一点税收来维持庞大的运转，其极度窘迫可想而知。段祺瑞感觉到民国政府就是一个叫花子组成的丐帮，黎元洪是帮主，而自己，就是那个无所适从的大总管。
收入很少，支出很大，到处伸手要钱，要不到钱便不高兴，有权有势的，还会给段总理故意制造些麻烦。比如国会两院，八百多议员当年号称“八百罗汉”，薪酬标准是早已定下的——中华民国第一届国会成立后的第一个议案，就是众议员给自己定下薪酬标准，每人每月五百大洋，几近天价。上任伊始，自得实惠，这也算是民国特色了。议会决定下来的事，政府必须执行，否则各内阁成员难得安稳日子。到了段祺瑞内阁手上，其他的不说，光这些人的工资发放，就成问题，如果政府能足额发放工资，议员们还会帮段祺瑞说些好话，最起码有一部分人不会故意让他难堪。没想到段祺瑞当上内阁总理后，几次想生硬地削减议员们的工资标准。这一做法，引起了议员们的普遍不快，尤其是一些国民党议员。如此，就很难指望国会与段祺瑞内阁之间维持良好关系了。
本来政治权威就不够，加上没有钱，段祺瑞内阁主持政局的困难可想而知。怎么办？只能通过借外债来维持运转。这个时候，欧洲列强卷入第一次世界大战，一方面经济遭重创，另一方面陷入战争消耗，很难腾出钱财借给中国。至于美国，借款上一直挑剔颇多，政策上又偏向支持中国教育、卫生以及文化事业，虽然美国驻华公使芮恩施几次敦促美国国务卿兰辛加大对中国政府的贷款力度，不过美国国内对于大规模贷款给中国还是心怀芥蒂。在这种情况下，北京政府借钱的唯一渠道，就是居心叵测的日本了。虽然段祺瑞与日本关系一直不错，但靠什么去赢得日本的贷款，也是一个问题，只能出租出卖矿藏开发权，出租地方等。一项资料显示，1920年下半年，日本海外投资的百分之九十都集中在中国。在中国的外国投资总额中，日本约占一半左右，其中在中国的东北地区，日本占了百分之七十以上。段祺瑞包括皖系与日本不清不楚的关系，也是后来时局动荡的一个重要原因。
除了日本，段祺瑞所能倚仗的，还有各地方军人的支持。虽然自袁世凯时代起，北京政府已尝试军政分离，不过军政之间一直纠缠不清，难以切割。北洋老资格段祺瑞与各地方督军的交好，也是他自信满满的资本。每次段祺瑞跟黎元洪出现了政策和人事上的分歧，督军团会站在段祺瑞一边给总统府施压。对军人的意见，黎元洪不敢过多反对。这样，精明的段祺瑞自以为找到了对付黎元洪的“灵丹妙药”，频繁以督军团的施压来保证内阁的主导地位。不过段祺瑞的铁腕专权，以及他过于倚重军队的方式，招致了国会很多议员的反感，尤其是人数众多的国民党议员。这样的格局持续僵持，意味着针对段祺瑞所发动的攻陷战随时会到来。
府院之争
很多时候，民国元年匆匆制定的《中华民国临时约法》似乎更多富有象征意义，这个带有中华民国理想精神，却显得支离破碎、模棱两可的根本大法，一直被孙中山等国民党人以及有着类似革命情怀的人奉为圭臬，以铭怀的方式凝聚着某种动力。袁世凯去世之后，反袁势力包括孙中山、蔡锷、唐绍仪、梁启超等人纷纷呼吁黎元洪段祺瑞恢复《临时约法》，甚至把这当作是界定分明的合作条件。这种情况下，黎元洪大总统上任伊始所做的恢复《临时约法》的行动被看作是遵循民国精神，以及向袁世凯反对派示好。恢复《临时约法》，当然令一部分人拍手称快，不过自此之后的运作，似乎让黎元洪始料未及——府院之间不得不重演中华民国运转之初大总统袁世凯与内阁总理唐绍仪的矛盾。对于“府院之争”，现在诸多书籍格外强调黎段之间的冲突，强调他们的争权夺利和落井下石。实际上更多时候，双方摩擦起源于对宪政制度的不熟悉，起源于界定不明，以及磨合的生硬。新成立的共和国政客们良莠不齐，人们还不太习惯于党派政治的操作，不太习惯于理性的立场和思维模式，把党派政治等同于拉帮结派，结党营私，拉大旗作虎皮。中国数千年专制制度所产生的文化和传统，也使得政治的运作不知不觉地向着阴谋和争权夺利的方向靠拢。
袁世凯死后那段时间，无论是黎元洪还是段祺瑞，起初格外小心谨慎，努力按照自己所理解的共和精神，以遵守民主体制的规矩来办事。对于段祺瑞的组阁安排，黎元洪照单全收，两人配合默契，相处也还算融洽。有时候黎元洪对于某些事情提出点自己的意见，段祺瑞也能做出调整，以示尊重。内阁初组之时，张国淦、汪大燮请辞不就，内阁成员改由许世英任交通总长、孙洪伊任内务总长、范源濂任教育总长、谷钟秀任农商总长；外长唐绍仪一直未能就任，也改由伍廷芳出任。这些，都是黎元洪与段祺瑞商量的结果。
“蜜月”很快过去，黎元洪和段祺瑞在出身、政治主张、性格等方面所表现的差异，以及在《中华民国临时约法》下显现出的疏漏和生硬，使得总统府与国务院之间的摩擦开始充分表现。黎元洪虽然一直算是个“老好人”，也非北洋出身，对于北洋系对自己的架空和颐指气使早已习惯，不过在继任中华民国总统之后，意气风发的黎元洪开始变得强硬。周围人的拥抬和唆使，更使得趋于强硬的大总统不断地与总理发生摩擦。以黎元洪的资格、实际能力，以及他依据《临时约法》所居的位置，几番回合下来，权力的天平明显地倾向于段祺瑞。这样的结果，黎元洪当然不能接受，在他看来，总统是一国之首，即使国体变成了法国体制，总统也应该是有实权的。黎段相争，国会就显得更为重要，黎元洪的方式是与国会联合对段祺瑞内阁形成掣肘。不过嘈杂的国会并不统一，党派政争极为激烈：原进步党一面高唱“不党主义”，一面组成两个团体，一为以汤化龙、刘崇佑为首的宪法讨论会，一为梁启超、林长民为首的宪法研究会，不久又合二为一，统称宪法研究会，简称“研究系”；国民党方面，有张继以领袖资格出组宪政商榷会。内中又分客庐系、丙辰俱乐部、韬园系三系，后又由三系演变成政学会、益友社、丙辰俱乐部、韬园系四派。不久丙辰俱乐部、韬园系又合并为民友社。研究系完全支持段内阁；商榷会的右翼因为谷钟秀、张耀曾为内阁阁员，也倾向于维持段内阁；民友社和益友社算是“商榷会”的左翼，主张倒段。
