洪武十八年（1385年），朱元璋立下祖制，并给他的后世子孙们下了一道死命令：“后世敢有言改更祖制者，以奸臣论”，谁敢提议更改自己苦心孤诣弄出来的这套制度，一概杀无赦。海瑞曾经质问别人说，本朝的法律制度两百年来都没改，你们为什么不依法、不按照制度去出牌？可是他却忽略了由这个问题衍生出的另一个问题：如果朱元璋没有下过死命令，不准他的后世子孙更改祖制，那些不合时宜的法律制度，估计早已被人为撕扯得支离破碎。
作为祖制的忠诚信徒，海瑞有一个强大的内心世界。而支撑这个强大内心世界的，就是他为之奋斗了终身的“祖制”。朱元璋究竟在开国之初，为他的殉道者海瑞铺陈了怎样一副政治蓝图，让海瑞执迷到九死而不悔。
明朝初年，弘文馆学士罗复仁居官简朴，为人老实，人称“老实罗”。有一天，朱元璋忽然动了念头，要调查“老实罗”是真的老实，还是装老实，于是就到罗家私访。罗家在城外边一个小胡同里，破破烂烂，东倒西歪几间房子，“老实罗”正扒在梯子上粉刷墙壁，一见到皇帝来，着了慌，赶紧叫女人抱一个小杌子请皇帝坐下，朱元璋见他实在穷得可以，老大不过意，说：“好秀才怎么能住这样的烂房子！”即刻赏给了城里的一所大邸宅。
其实让“好秀才”住这样烂房子的人不是别人，正是朱元璋本人。开国初年，正是他为官员们定下了历代以来最低的俸禄。
低薪制的产生自然有它所产生的历史背景，一是贫民出身的朱元璋心底对官员们总有一种仇恨的潜意识，他不希望这些人被自己养肥。二是因为开国之初，财政困难。三是读书人都是孔孟之徒，他们入仕，出发点应该是行孔孟之道，并不应为一已私利。所以，薄俸正好有利于他们砥砺节操，保持正气。正所谓“存天理、灭人欲”。低薪制其实是中国基于儒家学说的一种政治传统，只不过其他朝代没有低到这样让人吃不饱饭的地步。
一方面是官俸低得不足以维持正常开支，另一方面是官本位，官万能，各级官员权力不受约束，制定各种土政策，进行各种乱收费几乎没有任何障碍。通过加收摊派收取行政费用，支撑政府运转，是历代政治中的一个正常现象，也是低薪制得以维持的基础。问题是加收多少，摊派多宽，并没有明文规定，完全是暗箱操作。对政府机构的财政收支，也从来没有建立过有效的审计制度。官员们往自己口袋里放钱，就象吃饭夹菜一样容易。这种制度的荒悖，正如同“渴马守水，恶犬护肉”，导致官员们的整体腐化成为一种不可避免的趋势。
在这种制度下，只有两种选择。一种是做清官，不取一分一毫，结果就是甘于正常人无法忍受的贫穷。另一种就是遵照官场惯例，通过土政策来维持开支，支撑关系网的建立。而一旦越限，人们的欲望往往一发不可收拾。贪污就象遇到了适合环境的细菌，不可抑止地疯狂生长。
对于制度性腐败，历代以来，对付的办法只有两种：一是“杀”，从肉体上消灭贪官。二是“教育”，通过树立典型，大力表彰，提倡正确的导向，来感动人、教育人和转化人。这两种办法都如水中捞月，难以达到实际效果。
在朱元璋看来，别的罪过都可以饶恕，唯有贪污是制度的红线，触及则死。在朱元璋的严刑竣法下，从洪武元年到洪武十九年，两浙、江西、两广和福建的地方官员，或者任中被杀，或者任中被罚，竟然没有一个做到任满的。有些衙门，因为官吏被杀太多，居然没有一个人办公。为了政府运转，朱元璋只好开恩，叫那些官员“戴死罪、徒流办事”、“戴斩、绞、徒、流刑在职”，叫他们死刑缓期执行，带着镣铐在公堂办公。
治理了二十多年，到了晚年，朱元璋胡子都白了，贪污案件仍然层出不穷。朱元璋连声哀叹：“朝治而暮犯，暮治而晨亦如之，尸未移而人为继踵，治愈重而犯愈多。”前边的死尸还没有收走，后边的继任者又贪污上了。治理越重，贪污的反倒越来越多。“似这等愚下之徒，我这般年纪大了，说得口干了，气不相接，也说他不醒！”
对于这个死结, 海瑞与朱元璋可以说是不谋而合。两人的解决方案就是：加强皇权、严刑峻法。人们总是习惯于从儒学原理出发，把腐败定义为道德问题，认为解决的方法只有教化和屠杀。他们往往考虑的是皇帝和官员之间的利益博弈, 天真地以为只要让贪腐的官员付出惨重代价，那些尚在局中之人就会抽身而出，准备入局者也会知难而退。一个新王朝开创时, 以前的小团体被暴力横扫一空。新生的官僚集团还是个雏儿, 皇帝们往往容易操纵它。但是随着时间的慢慢流逝，官僚集团的独立性越来越强, 也会变得越来越坏, 用当时的话来说, 就是“朋比胶固, 牢不可解”。皇帝可以诛杀其中的成员, 但无法改变其运转模式。一般来说, 到了王朝中期以后, 这个集团就成了铁板一块，撕不破，扯不断。
在一个相对封闭完足的文化体系里，一切现象都有着现成的正统解释，人们已经丧失了建设性解决问题的能力，丧失了用自然的方式思考的能力，只能在一种恶性循环中越陷越深。
平心而论,朱元璋定下的祖制本身确实也有诸多行不通之处。比方说,朱元璋的祖制提到了禁止高利贷，海瑞当巡抚时也就按此执行。但是高利贷的根源是银根紧, 老百姓借贷困难。不解决货币供应问题, 光禁止高利贷,老百姓又从哪里去借钱呢？祖制拒绝考虑这个问题,海瑞也有样学样，不知变通。
我们要理解海瑞的困境,还要考虑更大的时代背景。海瑞挂在嘴上的祖制, 根本上来说是这个样子的：皇帝都像朱元璋一样, 大权独揽,对官僚集团严刑峻法,让他们严格遵守规则, 不敢侵害百姓。但这套东西在当时已经无法操作。
我们就拿海瑞在当教育工作者的时候就关注的驿站制度来说，海瑞质问那些不遵“祖制”官员：为什么洪武时期按制度办事，驿站可以顺利运转，现在你们怎么却说不可以？
朱元璋曾经明确规定：“州县理民事，驿递管过客”，明确禁止州县官吏参与招待所工作，其目的则无非是防止官员们借口招待，公款吃喝，贪污腐败。朱元璋时期，法定的驿站开支标准相当低，官员们出差期间、旅途期间，有着极为严格的标准。另外驿站的物质供应，也就是马匹、船轿、饮食等，朱元璋通过迁徙、高税率等手段从地方富户身上刮下来的。一年中的供应量没有上限，路过的官员越多，地方大户的负担也就越重。
