英国的豪将军到达波士顿之后，采取了一系列的措施，非常符合保皇党人的心意。他着手加固了班克山和波士顿隘口的防御工事，并且在城里地势高的地方修筑了炮台。修筑房屋的同时，古老的南教堂也遭到了亵渎。这个教堂已经有一百多年的历史，当地的居民经常在这里举行宗教仪式。教堂里的布道坛和长条凳被搬走了，地上到处堆满了土，这座神圣的殿堂几乎变成了一个跑马场。英军为了粉饰自己的卑劣行为，声称只是把这个教堂变成了一个“大会场”，可笑的是，他们在这里召开的所谓大会几乎都是以如何煽动当地居民暴乱为主题的，另外一个所谓的“大会场”也被用作了堆放煤和其他燃料的储藏室。10月下旬，豪将军又连续发布了三个公告，这三个公告严重限制了波士顿人民的自由，由此引起了很大的争议。
华盛顿近来的情绪也变得非常糟糕，首先是法尔莫斯港遭袭，再是丹莫尔在弗吉尼亚大肆屠杀爱国志士，接着豪将军的所作所为更是让他难以容忍。于是，他决定反击。华盛顿命令在朴茨茅斯修筑防御工事的苏利文将军将那些归顺国王的人逮捕，并把他们当做人质关押起来。虽说是反击，华盛顿目前对于保皇党人的态度依然是温和的，这只是给他们一点小小的教训，如果他们还是没有丝毫的转变，那么等待他们的将是更严重的惩罚。
冬天就要来临了，军营和波士顿之间的海湾眼看就要结冰，如果双方打起仗来，就要在冰面上刀锋相见了。此时豪将军如果得到增援，那么这场仗必定是他为自己洗刷耻辱的决胜之战。华盛顿觉得此时最必要的就是要对营地薄弱的地方加强驻防，以防敌人偷袭。另外，美军缺乏充足的大炮和弹药也是让他日夜头疼的问题。在这个关头，亨利·诺克斯向华盛顿请命去香普兰要塞寻求支援。亨利·诺克斯是波士顿的一个富有的书商，他为了国家的自由而参军，参加过班克山战役，曾负责过美军围攻波士顿的防御工事。他在大炮方面的专业知识和技能引起了华盛顿的注意，并向大陆会议推荐他做炮兵连的指挥官。诺克斯按照华盛顿的指示首先对军营里所存大炮、迫击炮、弹药等做了清点，然后就直奔纽约对所需弹药进行采购。然后他又转道去了斯凯勒将军处，按照华盛顿的指示，斯凯勒将军将负责协助他调配迪贡德拉、王冠角、圣·约翰甚至魁北克的所有弹药。他的工作完成得干净利索，鉴于他出色的表现，大陆会议很快就下达了他担任炮兵连指挥官的任命书。
弹药的问题解决了，但是目前华盛顿又面临另外一个问题，那就是一半以上的具有陆军上尉头衔的军官马上就要服役期满，如果他们在这个时候退役，势必会影响到士兵们的情绪。即使一些军官愿意留下来，他们也不愿意被编到其他的中队中去。比起军官的问题，士兵们的问题似乎更糟糕。他们似乎更愿意呆在本地的部队里，例如，康涅狄格的士兵不愿意马萨诸塞的上尉当他们的指挥官，马萨诸塞的士兵不愿意罗德岛的上尉当他们的指挥官，所以现在首先必须要确定各个中队指挥官的名字，这些士兵才有可能重新应征。这些问题让华盛顿感到心烦意乱，他在给大陆会议的信中写道：“我们现在面临的情况远比预想的要复杂的多，我最担心的是如果此时军心不稳定，那势必给敌军更多可乘之机。据我所知，豪将军已经得知我军目前所面临的一些困难，如果他得到增援，定会毫不留情地向我们展开反击。”
新兵招募的进度十分缓慢，许多士兵都表现出懈怠和厌倦的情绪。直到11月28日，他们才总共招募新兵3500人。虽说华盛顿身边有像诺克斯这样临危受命的爱国志士，但是也不乏乘火打劫的虎狼之辈，一些军官乘机提出晋升或者加薪的要求，如果不能够满足，就打算离开部队。这些问题纠缠在一起，让华盛顿都有些心灰意冷，他没有料到他当这个大陆军总司令居然会遇到这么多的麻烦。
就在华盛顿处于困境之中的时候，没有人比格林更靠近他。此人非常敬仰华盛顿，平日里以在华盛顿手下当兵为荣。他为华盛顿的烦恼而感到心疼，并把他烦恼的原因归结于他还没有适应新英格兰。在他看来，华盛顿还不熟悉这个地方，所以对这里的人不太了解。这里的人跟其他地方的人一样都是打仗的好材料，但是你不可能在几个月的时间内就把他们从民兵变成一支正规军。这里人大部分都比较惟利是图，这跟他们长期从事贸易的事业有关。在这些民兵身上，荣誉感还没有完全激发出来，功利色彩还很浓。多种因素综合起来，华盛顿势必要在新英格兰多呆上一阵子才能够完全适应这个新环境。
与此同时，蒙哥马利收到消息说爱伦上校在攻打蒙特利尔的时候被俘虏，并受到英军苛刻的惩罚。蒙哥马利给卡尔顿少校写了一封信，在信中他要求英军能够善待美军俘虏，并希望在6日之内得到对方的答复。如若不然，对方的沉默将被视为是对美军宣战。在等待英军回复的几天内，蒙哥马利下令对圣约翰堡进行围攻。9月31日，卡尔顿将军率领部队搭乘34艘船只渡过圣劳伦斯河，准备同阿克莱率领的高地勇士集合。正当船只行驶到郎盖尔右侧河岸的时候，卡尔顿的部队遭到了沃纳上校的偷袭。遭受巨大损失后，卡尔顿只好率领残部向蒙特利尔撤退。
英国驻军之所以坚持不投降，就是在等待援军。洞悉了敌人的心思之后，蒙哥马利下令停止炮击，然后派人给英军指挥官送去一封信，在信里面，蒙哥马利提醒普里斯顿看清形势，赶紧投降。普里斯顿不相信援军已经覆灭，但他同时承诺，如果援军四日不到，他就投降。他的这个请求遭到蒙哥马利的拒绝，无奈之下，这位顽强的少校只好停止了反抗。被俘虏的普里斯顿的部队由500名正规军和100名加拿大人组成，其中不少加拿大人还是当地的一些贵族。蒙哥马利非常优待这些英军俘虏，由于他本人也曾经是一名英国军官，他对这些人深表同情。他这么做的动机还有另外一种可能性，就是他觉得不该将这些贵族同低俗的阶下囚混为一谈，因为战争本身是光荣的、高贵的。根据投降条款，所有被俘官兵的行囊一律没收，同时每一名士兵可以按照规定获得一件新衣服。这种做法在美军中引起了一些议论，因为许多士兵自己甚至都没有衣服穿。但是蒙哥马利有他的理由，他绝对不会残忍地对待投降了的俘虏，因为这么做不仅破坏了自己的声誉同时也破坏了大陆军的名声。也就是从那个时候起，美军树立了不虐待俘虏的军事准则。
蒙哥马利此时已经跟大陆会议写了信，表示魁北克将是他参加的最后一场战役，战争一结束，他就要退役返乡了，不过，他会尽自己的全力打好这最后一仗。话虽如此，但是斯凯勒将军在信中表达的消极情绪让华盛顿担忧不已。其实士兵不服从指挥的问题在各个部队都存在，如果不能得到解决，势必会影响到整个战争。在给蒙哥马利的回信中，华盛顿同他分析了目前军队所面临的形势，虽然困难重重，但是还是希望他能够坚守岗位，将这个伟大的使命继续完成下去。华盛顿诚恳的言辞打动了斯凯勒将军，斯凯勒将自己的心里话统统向华盛顿倾诉了一遍，他向华盛顿提出了很多目前部队中所存在的问题，例如士兵不听从外省指挥官的命令，部队里存在拉帮结派、勾心斗角的行为，士兵们普遍存在的自私、嫉妒和功利心等问题。但目前重新招募一支新的正规军队的困难是很大的，把军队中的差额补充完整，更是难上加难。
最初的革命热情早已过去，部队单调无聊的生活早已将士兵们变得心灰意冷。更为严重的是，部队面临断粮的威胁，若再不解决，这支军队必将面临被解散的命运。由于没有御寒的冬衣和取暖的柴火，士兵们在凛冽的寒风中绝望地思念着家乡那温暖的火炉。考虑到这些士兵等到服役期一满就要马上离开部队，华盛顿下达了一个命令：马萨诸塞州的3000名后备兵和民兵、新罕布什尔州的2000多名新兵必须在12月10日之前赶到康涅狄格增援，填补那里的军事差额。接到通知后，康涅狄格州马上下令所有服役期满的士兵都要等到12月10日才能离开，以免在敌人来犯时没有足够的士兵作战。也许有的士兵对通知理解有误，他们于12月1日就离开了部队。这些士兵的去意十分坚决，怎么留都留不住。有的甚至把枪炮和弹药也一并带走了。华盛顿得知这一消息十分生气，他将这些逃兵的名单呈交给杜姆布尔省督，希望他能够找出一个作为典型加以惩戒。杜姆布尔省督接到这封信，立刻回复了一封信给华盛顿，请他务必放心，他一定能够处理好这起逃兵事件。事后我们了解到那些返乡的士兵遇到了外部和内部的双重夹击。由于他们被冠以逃兵的称号，许多人在路上根本得不到任何的帮助，当他们好不容易回到家中，家里人因为他们是逃兵的缘故而备受牵连，这让他们心生悔意，不久，很多士兵都表示要重新返回部队去。
正在这个时候，一辆满载军火和重要军需物资的车开进了美军的营地。这部车是由大陆军部队从英军手中截获的，满载的物资对整个部队来说无疑是一个天大的喜讯，它大大振奋了每位士兵的士气。在这批截获的军火中，有一个重达3000磅的迫击炮，大家都兴奋不已，纷纷要给这个胜利品取个名字以作纪念。这个迫击炮被放在了地上，帕特南将军翻身爬了上去，在上面砸碎了一瓶朗姆酒，并大声地说就叫它“大陆会议”，大家听了都哈哈大笑。当美军庆祝的消息传到波士顿英国人的耳朵里，英国人轻蔑地说：“他们高兴得太早了，要是我们的援军早日到来，恐怕这些美国叛军早就成了阶下囚了。”果然，华盛顿的这种喜悦之情马上就被派往圣劳伦斯河的一支舰队的鲁莽行为而掩盖了。这支舰队在圣·约翰岛登陆，洗劫了总督府和几户民居，并带回了几名主要的罪犯，其中的一个人是科柏克，是这个岛的代理省督。这几个人向华盛顿详细描述了被抢劫的情况，华盛顿在了解情况之后，立即派人将他们送回小岛并将抢劫的财物一并归还给他们。这位代理省督对华盛顿的善举感激涕零，他写了一封信给华盛顿，信中对他无比高尚的人格进行了高度的赞扬。
对比爱伦在英军中所受到的惩罚，美军对待俘虏的态度可谓是非常人性化的。他们不仅没有虐待俘虏，反倒给了他们作为军人应有的待遇。对此，华盛顿特意写了一封信给英军指挥官豪将军，希望他们能够善待美军俘虏，并提醒豪将军说，如果英军不能善待美军俘虏，那么现在关押在美军监狱里的普利斯科特也不会有好日子过。然而华盛顿的来信被豪将军解读成一封挑衅信，从他的回信中我们就可以看出他读完信后的愤怒，他在回信中说：“我所管辖的区域并不包括加拿大，因此也没有听说过爱伦这个战犯。对于您信中所提到到善待俘虏的请求，我想声明的是，我们一向都是秉着仁慈的态度对待每一位战俘的。”这封回信更让华盛顿确信美军俘虏的普利斯科特是造成爱伦悲惨命运的主要原因。在英军看来，美军俘虏了普利斯科特对他们来说是沉重的打击，他们将这种报复的情绪一并发泄在爱伦上校的身上，虽然表面上说一直优待美军俘虏，但是关在英军监狱里的爱伦上校身戴镣铐，哪里得到过什么优待？！不过战争就是如此残酷，不幸落入英军手中的美军战俘，我们也只能替他们祈祷希望他们不要放弃生还的希望。
