宋明儒出入佛道者甚多，他们对佛教的态度，总的说有以下几种：一是早年入于其中，后因各种机缘出离，但佛教思想融入其思想中，故虽辟佛而实受佛教影响；二是视佛教为洪水猛兽，恐粘连其中，受其浸染，故耳食佛教大意，极力诋毁；三是由入而好，由好而尊信，一往不返，以佛教思想掩蔽儒学；四是能出能入，对佛书不诋毁，亦不尊信，以儒学融会佛学，以佛学诠释儒学，汲取其哲理，抛弃其宗教修持及宗教仪节方面。耿定向所取的方向，是上述最后一种。
耿定向全集中有《译异编》一部分，是他以儒家思想融会佛学的代表作。“译”者，绎引申之意；“异”者，异端或曰异域之书之意。“译异”就是通过对佛书某些语句和意义的引申来阐发儒学思想。他在《译异编》小引中说：
昔宋儒有言：“佛书精微者不出吾书，其诞妄者吾不信也。”吾曰：“否否！读佛书者视心迷悟何如耳。如心诚悟，无论精微者得我同然，即中妄诞者亦视若《易》之象、《诗》之兴、《庄》《列》之寓言，殆将求之语言之外矣。如心苟迷，岂独妄诞者不之信，即中精微者亦只取润四寸间耳。佛氏有言：‘心悟转法华，心迷法华转’，信哉其言也。余素不佞佛，亦不辟佛，恃此心能转佛书耳。乃儒家者流，其辟佛之说无虑千亿，诸无当余衷。”（《耿天台先生全书》卷七）
耿定向态度很明确，不佞佛，也不辟佛。他要保持儒家立场，以佛书来说明儒、补足儒。他所弃去者，在佛教“髡首袒背，膜拜趺坐，偈咒赞呗，果报轮回之粗迹”（《耿天台先生全书》卷七），与以寂灭为宗的教义。观其大端，耿定向对于佛教的融释有如下数点：
第一，朱陆与教禅。耿定向从佛家中教禅分离来看朱陆之争，以教禅本来合一论朱陆皆为圣学。他说：今吾儒或诋仲晦格物之说而束书游谈，或谬子静“立大”之旨而不识本心，亦若是已。噫！宗教之支，释道之衰也；朱陆之呶呶，亦吾道之晦乎！（《宗教译》，《耿天台先生全书》卷七）
在他看来，禅门以心传心，不立文字，与注重佛典的解释、发挥、论证的教门有极大不同。教与禅在佛教传入初期并未裂而为二，教与宗的分裂并争辩不休，势同水火，是佛教衰落的表现。宋儒中陆九渊的风格做派，功夫路径相当于禅，朱熹相当于教，朱陆之争亦类教禅之争，亦可看做儒家的衰落。朱陆是圣学中的不同趋向，圣学既有陆九渊的先立其大，也有朱熹的格物穷理，二者并不相悖。今人批评朱熹之支离而走入“束书不观，游谈无根”，批评陆九渊狂禅而走入否定人之“不容已之真心”，皆走入邪途。他认为，朱陆可以调和而且必须调和，方可谈儒家含容阔大的本来面目。这种见解比王学中守其门户，高自标揭，拒人于千里之外，有更为宽阔的眼光和胸怀。
第二，至善即净土，宇宙即吾心。耿定向曾精研净土三大部，以净土宗所说的西方佛国净土比拟儒家所谓“至善”，他说：友有修佛氏净土教者，谓佛氏有无量寿佛者，产西方，弘化于是，宗其教者以彼为极乐国净土也，若东方则秽浊土也。……苟实识吾心即宇宙，宇宙即吾心，则“东西南北海有圣人出，此心同，此理同”。即以东方为净土可也。吾儒之学在止至善，至善，吾仲尼万世之净土也。（《净土译》，《耿天台先生全书》卷七）
耿定向这里说的，实际是禅宗和陆九渊两人思想的混合。六祖慧能立自心是净土之旨，“前念迷佛是众生，后念悟众生是佛”，斥净土有处。但慧能达到心中净土的法门是“无念为宗”，“于一切诸境上心不染”。陆九渊的宇宙即是吾心、吾心即是宇宙，说宇宙根本法则与吾本心的道德法则一而不二。吾心即至善。耿定向综合二人之说，以吾心为净土，吾心真机不容已之至善即儒家的净土佛国。在他这里，净土不过是至善之地的代名词，他是借佛教说儒家思想。
第三，六通即一心通。佛教有六通之说，耿定向用自心概括，他说：佛氏有六通，曰天眼通，曰天耳通，曰它心通，曰宿命通，曰如意通，曰漏尽通。余曰，惟求自心一通耳。自心一通，闻一善言，见一善行，沛然若决江河，莫之能御，天眼天耳通矣。己所不欲，勿施于人，絜吾此矩于上下四旁，它心通矣。千百世之上有圣人出，此心同，此理同，古今一息，宿命通矣。居安资深，取之左右逢源，如意通矣。声色臭味咸无所染，而视听言动一秉于礼，漏尽通矣。盖自心一通，将万化可通，岂独六通哉！（《六通译》，《耿天台先生全书》卷七）
在耿定向看来，儒家的根本道理在于一心，心为耳目之官的主宰，主宰向善，则耳目通。心为絜矩之道的本体，絜矩则人我通，其至为万物一体。絜矩之道是泰州之学的重要命题，耿定向以之为人我关系的根本原则。本心之四端，人人皆同，陆九渊诗谓：“墟墓兴哀宗庙钦，斯人千古不磨心。”正此意。如谓有宿命，则惟此一宿命。如意者，人之意愿皆能遂。而只有如孟子所谓居安资深，才能左右逢源。所居所资者，亦惟人之一心，含蕴广大，运用精妙。漏即烦恼，视听言动皆遵礼，则“于住而无住”，无住，则烦恼尽。“运用之妙，存乎一心”，故心通则万化可通。耿定向的解释，用心学的根本精神，用泰州之学的家法，强调心的主宰和运用。
第四，《心经》之空与未发之中。耿定向认为，《心经》为佛典的代表，其中心义旨“空”是佛教根本思想，而《心经》之空与儒家所谓中有异曲同工之妙。他说：余玩释典，《心经》中“照见五蕴皆空”一语，此佛谛大指也。惟空故觉圆，惟空故无住。……善读佛书者，实会得《心经》此一语，则十二部五千余卷皆剩语矣。吾儒自尧舜以来相传心印，惟一“中”耳。子思子直指之曰“喜怒哀乐未发谓之中”。白沙诗云：“吾儒自有中和在，谁会求之未发前？”未发前作何气象？孔之“空空”，颜之“屡空”，皆是物也。诚会此，则《心经》此语抑亦剩语矣。否则，即诸种种微言妙论，第为众生作障业耳。（《心经译》，《耿天台先生全书》卷七）
耿定向认为佛书累千累万，曲折解说，皆译空字。他把“空”和儒家中心思想“中”联系起来，认为空是中的必要前提，不空则不能中。联系到耿定向的哲学思想，有心中之“空”才能使“真机之不容已”显现于心。“不容已”三字，说明心中之仁的流行不息的性质。未发之中是无，真机不容已是有。孔子之“空空”是前提，“仁”、“忠恕”是本体。耿定向这里实际上是借佛家之说来论证他的真机不容已。
耿定向的融会儒释，是借用佛家概念阐释儒家思想，特别是泰州之学的思想。佛与儒在他这里不是水乳交融，而是油水相分，只有外在的相似性。他的根本思想是儒家的，他也未能深入佛书中，利用佛教的思想资料。佛家名相事数在他这里只是借以阐发儒家思想的媒介。他的目的亦只如焦竑《译异编》跋语中所说，是“招致天下好异之士而迫之乎大中至正之道”。黄宗羲说他“拖泥带水，于佛学半信半不信”，实则全然不信，不过“既不佞佛，又不辟佛”而已。
耿定向是泰州后学中比较重要的人物，弟子众多，在当时很有影响，对士林风气有一定影响。焦竑在《天台耿先生行状》中说道：“先是建崇正书院，著《会仪》，选十四郡髦士群而鼓铸之。当是时，文贞（徐阶）以理学名卿首揆席，设虚待贤，下及管库，视先生不啻天符人瑞。
而先生据师儒之任，六年于兹，摩荡鼓舞，陈言邪说，披剥解散，新意芽甲，性灵挺出。士苏醒起立，叹未曾有，皆转相号召，雷动从之。虽縻他师者，亦藉名耿氏，海内士习几为之一变。”（《澹园集》卷三十三）
过去对耿定向的介绍多述他与李贽的争论，其实他和李贽的分歧，是个性或说处世态度上的，哲学思想上的分歧并不大。如李贽的“童心说”与“百姓穿衣吃饭即是人伦物理”等，与耿定向之“真机不容已”、“费中隐”、“粗浅中之精微”等，皆无甚大异。李贽与耿定向之弟定理始终交厚，而耿定理之学与其兄甚近。另李贽《耿楚倥先生传》中说，耿定向持守“人伦之至”一语，他自己持守“未发之中”一语，时相辩论，但李贽最后的结论是“人伦之至”即“未发之中”，二人学术宗旨并无牴牾。耿定向后来不提“人伦之至”，李贽亦舍去“未发之中”，李贽对此评论说：“乃知学问之道，两相舍则两相从，两相守则两相病，势固然也。两舍则两忘，两忘则浑然一体，无复事矣。余以是不避老，不畏寒，直走黄安会天台于山中。天台闻余至，亦遂喜之若狂，志同道合，岂偶然耶！”（《焚书》第143页）这些都说明，耿定向与李贽的分歧，不像一般著作中说的那样大，也不是根本思想上的，两人可说分属泰州后学中的狂狷派。
