在1890年会晤廖平之后，康有为最终确立了其今文经学立场，而阐明这一立场的代表性著作是《新学伪经考》和《孔子改制考》。前者于1891年秋初刻，以刘歆伪造古文、变乱六经之学为主论；后者于1892年开始编纂，于1898年初问世，以孔子为托古改制之大地教主为主论。正如很多论者业已指出的，前者的主要目的是“破”，后者则着意于“立”。
既然我们常说“不破不立”，那么，可以想见，《新学伪经考》对于康有为阐明自己的今文经学立场具有重要的意义。在1913年2月写给廖平的一封信中，康有为曾叙述自己对古文经发生怀疑、转而信从今文经是缘于一次偶读《史记》的经历：“仆昔以端居暇日，偶读《史记》，至《河间献王传》，乃不称古文诸书，窃疑而怪之。以太史公之博闻，自谓网罗金匮石室之藏，厥协六经异传，整齐百家杂语，若有古文之大典，岂有史公而不知？乃遍考《史记》全书，竟无古文诸经；间著‘古文’二字，行之不类，则误由刘歆之窜入。既信史公而知古文之为伪，即信今文之为真，于是推得《春秋》由董、何而大明三世之旨，于是孔子之道四通六辟焉。”（康有为：《致廖季平书》，见《康有为全集》第十集，19页。）于是我们看到，康有为在《新学伪经考》中主要引证和分析了《史记》和《汉书》中的有关文献，以阐发其古文经为伪、今文经为真的观点。这一观点的具体内容主要有如下几点。
首先，康有为认为《毛诗》、《古文尚书》、《周礼》、《说卦》、《序卦》、《杂卦》、《费氏易》、《左传》为伪作：“凡《诗》三百五篇，其四始之义，以《关雎》为风始，《鹿鸣》为小雅始，《文王》为大雅始，《清庙》为颂始。其《诗》，孔子皆弦歌之，以求合韶、武、雅、颂之音。传之有鲁、齐、韩三家，无所谓《毛诗》者。其《书》，上纪唐、虞之际，无《舜典》，但有伏生今文二十八篇……无所谓壁中《古文尚书》者。其《礼》，唯有高堂生所传十七篇，而无《逸礼》三十九篇、《周官》五篇及《明堂阴阳》、《王史氏记》也。其《易》，则伏牺画八卦，文王重六十四卦，孔子系之辞，无以为周公作，亦无《说卦》、《序卦》、《杂卦》三篇。亦无十翼之说。传授人自商瞿至田何，再传至杨何，无所谓《古文费氏》也。其《春秋》，唯有《公羊》、《穀梁》二家，无所谓《左氏传》也。”（《康有为全集》第一集，368页。）
其次，康有为认为六经皆孔子所作，六经而外由七十子后学所记的其他相关著作——包括《系辞》、《礼记》中的大多数篇章、《论语》、《孝经》等——皆为六经之传、记而不得称经：“六经皆孔子所作。《诗》三百五篇，《书》二十八篇，《礼》十六篇，《易》上、下二篇，《春秋》十一篇，乐在于声，其制存于《礼》，其章存于《诗》，无文辞，是为六经。禀于圣制，尊无与上者。《易》之《系辞》，《礼》之《丧服》，附经最早，然《史记》称《系辞》为传，《丧服》亦名传，亦弟子所推补也。自六经而外，皆七十子后学所记，各述所闻，或独撰一书，或合述一书，与经别行，统名曰传，凡儒家言皆是，犹内典佛说者为经，菩萨说者为律、论也。虽以《论语》纪孔子言，以非孔子所撰，亦名为传。但诸所说虽宗师仲尼，亦各明一经之义。如《五帝德》、《帝系姓》、《文王世子》、《武王践祚》，为《书》作记者也；《系辞》、《易本命》，为《易》作记者也；《王制》、《坊记》，为《春秋》作记者也；《曲礼》、《玉藻》、《少仪》、《郊特牲》、《礼运》、《礼器》、《投壶》、《衅庙》，为《礼》作记者也。自余若《经解》、《大学》、《中庸》之类，通论为多。盖七十子后学记，即儒家之书，即《论语》、《孝经》亦在其中。”（《康有为全集》第一集，392页。）
第三，康有为提出“孔子六经不亡于秦政之烧书，而乱于新歆之校书”的独特观点，这也是《新学伪经考》的核心观点。对于刘歆如何伪作古文经，康有为提出了自己的分析。他认为刘歆伪作古文经的关键在《周礼》，而以其他一些经的伪作辅翼之：“盖歆为伪经，无事不力与今学相反，总集其成，则存《周官》。今学全出于孔子，古学皆托于周公。”（同上书，394页。）“歆之精神全在《周官》，其伪作《古文书》、《毛诗》、《逸礼》、《尔雅》，咸以辅翼之。”（《康有为全集》第一集，395页。）他还提出，刘歆为了伪作《周礼》，先伪作《左传》，因而《左传》在伪经中的地位也非常重要：“歆遍造伪经，而其本原莫重于伪《周官》及伪《左氏春秋》。而伪《周官》显背古义，难于自鸣，故先为伪《左氏春秋》。”（同上书，398页。）“《左传》者，歆伪经之巢穴也。《左传》立，则诸伪经证据分明，随踵自立矣。”（同上书，456页。）对于《左传》的来历，康有为还根据《史记》中“左丘失明，厥有《国语》”等记载以及文本上的一些具体分析提出一个看法，即认为《左传》“摭于《国语》”；他亦由此说明《左传》与《春秋》本不相干：“《左氏》体例与《国语》相似……本不释经，与《春秋》不相涉，不必因其有刘歆伪《古礼》，而尽斥其为伪书，亦不能因其偶合于《仪礼》、《礼记》，而信其传经也。”（同上书，400~402页。）既然区分今文经学与古文经学的焦点向来表现在对《周礼》和《左传》的评断上，那么，康有为这里的看法可以说是其来有自。
第四，康有为认为最终使古文经学取代今文经学而获得主导地位的是以古文经学为主而兼采今文经学的郑玄，即所谓“始作伪乱圣制者自刘歆，布行伪经篡孔统者成于郑玄”，并分析其中的缘由主要在于今文经学与古文经学的“通和”：“而所以辅成古学，篡今学之大统者，则全在郑康成一人。推康成所以能集六经之成，以灭今学者，盖有故焉。两汉儒林皆守家法，爰逮后汉，古学虽开，而古学自守其藩篱，今学自守其门户，宁有攻伐，绝不通和。今学攻古学为颠倒经法，古学攻今学为蔽固妒毁。但今学之毁古，犹王师之拒贼也；古学之攻今，则盗憎主人也。观其相毁之辞，而曲折见矣。然古学虽言伪而辩，而自杜林、郑兴至贾逵、马融、许慎诸大师，皆笃守古文，与今学家沟绝不通。苟长若此，即互有盛衰，亦可两存。唯郑康成先从第五元通《京氏易》、《公羊春秋》，又从张恭祖受《周官》、《礼记》、《左氏春秋》、《韩诗》、《古文尚书》，盖兼通今古，因舍今学而就古学。然虽以古学为宗主，而时有不同，又采今学以裨佐之。”（《康有为全集》第一集，451页。）
最后，康有为提出刘歆伪作古文经的根本问题在于“夺孔子之经以与周公，而抑孔子为传，于是扫孔子改制之圣法，而目为断烂朝报”（同上书，355页。），并顺此重新刻画了汉代以后的经学史和儒学史。比如在提到汉学与宋学之争时他说：“凡今所争之汉学、宋学者，又皆歆之绪余支派也。”（同上书，362页。）在提到唐人和清人对周公的尊崇时他说：“唐人尊周公为先圣，而以孔子为先师，近世会稽章学诚亦谓周公乃为集大成，非孔子也，皆中歆之毒者。”（同上书，416页。）康有为对经学史和儒学史的重新刻画无论在当时还是后来，都是非常惊人的，比如朱一新就已经明确意识到“刘歆、郑玄以下皆信伪经”的观点客观上会动摇经学的根本，对儒学造成巨大的冲击，而后来钱玄同、顾颉刚等人也都明言其疑古思想深受康有为的影响。不过，值得注意的是，虽然从《教学通义》到《新学伪经考》，康有为衡定周、孔的方式发生了显著的变化，即在前书中因受章学诚的影响而以周公为作者、孔子为述者，在后书中则把“作者之谓圣”的重心几乎完全放在了孔子身上，但是，不妨碍这两种衡定周、孔的不同方式各自都能够相应于一个孔教概念。正如前面已经提及的，这一点也表现在，康有为早期使用的“孔教”概念其实就是指二帝三王所传之教，即周孔之教，尽管“孔教”一词就其语义而言的确与他后来今文经学立场之下的看法更为接近，即指孔子之教。
今文经学立场的确立直接关联于康有为以孔子为教主的看法。在《新学伪经考》中康有为提到孔子为“天命大圣”，在《孔子改制考》中他则详细地阐发了孔子为托古改制之大地教主的看法。康有为主要是通过援引先秦、两汉时期以孔子为改制立法之素王的看法来说明孔子为大地教主的看法的。在《孔子改制考》卷八“孔子为制法之王考”中，康有为在开篇谈到该卷的写作目的时说：“自战国至后汉八百年间，天下学者无不以孔子为王者，靡有异论也。自刘歆以《左氏》破《公羊》，以古文伪传记攻今学之口说，以周公易孔子，以述易作，于是孔子遂仅为后世博学高行之人，而非复为改制立法之教主圣王，只为师统而不为君统。……今遍考秦、汉之说，证明素王之义。庶几改制教主，尊号威力，日光复荧，而教亦再明云尔。”（《康有为全集》第三集，101页。）
孔子为素王之说，在文献根据上往往被认为关联于汉代公羊学，特别是公羊家对《春秋》哀公十四年“西狩获麟”之记载的解释，即以西狩获麟为孔子受命之符，如董仲舒在《春秋繁露·符瑞》中所说：“有非力之所能致而自致者。西狩获麟，受命之符是也。然后托乎《春秋》正不正之间，而明改制之义。一统乎天子，而加忧于天下之忧也。务除天下所患，而欲以上通五帝，下极三王，以通百王之道，而随天之终始。”（苏舆：《春秋繁露义证》，157~158页，北京，中华书局，1992。）《公羊传》在解释“西狩获麟”时说：“何以书？记异也。何异尔？非中国之兽也。然则孰狩之？薪采者也。薪采者则微者也，曷为以狩言之？大之也。曷为大之？为获麟大之也。曷为为获麟大之？麟者，仁兽也。有王者则至，无王者则不至。有以告者曰：‘有麕而角者。’孔子曰：‘孰为来哉！孰为来哉！’反袂拭面，涕沾袍。颜渊死，子曰：‘噫！天丧予。’子路死，子曰：‘噫！天祝予。’西狩获麟，孔子曰：‘吾道穷矣。’《春秋》何以始乎隐？祖之所逮闻也，所见异辞，所闻异辞，所传闻异辞。何以终乎哀十四年？曰：‘备矣！’君子曷为为《春秋》？拨乱世，反诸正，莫近诸《春秋》。则未知其为是与？其诸君子乐道尧、舜之道与？末不亦乐乎尧、舜之知君子也？制《春秋》之义，以俟后圣，以君子之为，亦有乐乎此也。”（徐彦：《春秋公羊传注疏》卷二十八，见阮元校刻：《十三经注疏》（下），2352~2353页，北京，中华书局，1980。）对于麟来之义，徐彦在《春秋公羊传注疏》中对公羊家的看法有一个全面的概括：“麟之来也，应于三义。一为周亡之征，即上传云‘何以书？记异也’是也。二为汉兴之瑞，即上传云‘孰为来哉！孰为来哉！’虽在指斥，意在于汉也。三则见孔子将没之征，故此孔子曰‘吾道穷矣’是也。”（徐彦：《春秋公羊传注疏》卷二十八，见阮元校刻：《十三经注疏》（下），2353页。）
对比一下宗《左传》的古文经学家在解释“西狩获麟”上的差异，可以突显出公羊家观点的独特性究竟在于何处。《左传》关于“西狩获麟”只是较详细地叙述了这一事件的发生过程：“十四年春，西狩于大野。叔孙氏之车子商获麟，以为不祥，以赐虞人。仲尼观之，曰：‘麟也。’然后取之。”（杜预：《春秋左传正义》卷五十九，见阮元校刻：《十三经注疏》（下），2172~2173页。）所以我们需要考察为《左传》作注解者的看法。
首先需要指出的是，以麟为仁兽、为圣王之嘉瑞的看法，也为宗《左传》的古文经学家所认同。大概这是当时人们的一种共同看法，或如后来韩愈在《获麟解》中所言：“麟之为灵，昭昭也。咏于《诗》、《书》，载于《春秋》，杂出于传记百家之书，虽妇人小子皆知其为祥也。”对这一看法的更清晰的阐述见诸《白虎通·封禅》中“符瑞之应”章：“天下太平，符瑞所以来至者，以为王者承天通理，调和阴阳。阴阳和，万物序，休气充塞，故符瑞并臻，皆应德而至。……德至鸟兽，则凤凰翔，鸾鸟舞，麒麟臻，白虎到，狐九尾，白雉降，白鹿见，白鸟下。”（陈立：《白虎通疏证》（上），283~284页，北京，中华书局，1994。注者多引“麒麟臻”等文自《孝经·援神契》。）因此，无论是宗《公羊传》的今文经学家，还是宗《左传》的古文经学家，对于“西狩获麟”的理解，都紧扣“麟为仁兽，为圣王之嘉瑞”之义而展开。
杜预对“西狩获麟”的解释是：“麟者，仁兽，圣王之嘉瑞。仲尼伤周道之不兴，感嘉瑞之无应，故因鲁《春秋》而修中兴之教。”（杜预：《春秋左传正义》卷五十九，见阮元校刻：《十三经注疏》（下），2172页。）对此，孔颖达疏曰：“此时无明王，麟出无所应也。出而遇获，失其所以归也。夫以灵瑞之物，轲若是，圣人见此能无感乎？所以感者，以圣人之生非其时，道无所施，言无所用，与麟相类，故为感也。仲尼见此获麟，于是伤周道之不兴，感嘉瑞之无应，故因鲁《春秋》文加褒贬而修中兴之教。若能用此道则周室中兴，故谓《春秋》为中兴之教也。”（杜预：《春秋左传正义》卷五十九，见阮元校刻：《十三经注疏》（下），2172页。）如果说杜预的看法能够代表一般古文经学家的看法的话，那么，从中可以看出，一般古文经学家对于《公羊传》中“麟者，仁兽也。有王者则至，无王者则不至”的看法并无异议，只是他们对“西狩获麟”的理解主要落在孔子“伤周道之不兴”这一点上，即徐彦所概括的麟来所应之三义中的第一义上。但这还不能全面刻画出古文经学家的真实看法。
麟来所应之三义中的第二义，在文献上见诸许慎的《五经异义》与何休的《春秋公羊传解诂》等。在“反袂拭面，涕沾袍”下，何休的注中有这样的说法：“夫子知其将有六国争强，从横相灭之拜，秦项驱除，积骨流血之虞，然后刘氏乃帝。深闵民之离害甚久，故豫泣。”（同上书，2353页。）在“拨乱世，反诸正，莫近诸《春秋》”下，何休的注引用了《演孔图》的说法：“得麟之后，天下血书鲁端门曰：‘趍作法，孔圣没。周姬亡，彗东出。秦政起，胡破术。书纪散，孔不绝。’子夏明日往视之，血书化为赤乌，化为白书，署曰‘演孔图’，中有作图制法之状。孔子仰推天命，俯察时变，却观未来，豫解无穷，知汉当继大乱之后，故作拨乱之法以授之。”（徐彦：《春秋公羊传注疏》卷二十八，见阮元校刻：《十三经注疏》（下），2354页。）以麟来为兴汉之瑞的看法，可以说是宗《公羊传》的今文经学家的独特看法。就是说，宗《左传》的古文经学家一般会认可西狩获麟为周亡之异的看法，但不一定认可西狩获麟为兴汉之瑞的看法。许慎在《五经异义》中列举了对西狩获麟的一些不同看法：“说《公羊》者云：‘麟是汉将受命之瑞，周亡天下之异，夫子知其将有六国争强，秦项交战，然后刘氏乃立，夫子深闵民之离害，故为之陨泣。麟者，太平之符，圣人之瑞。’又云：‘麟得而死，此亦天告夫子将殁之征也。’……说《左氏》者云：‘麟生于火而游于土，是中央轩辕大角之兽，孔子作《春秋》，《春秋》者，礼也，修火德以致其子，故麟来而为孔子瑞也。’奉德侯陈钦说：‘麟，西方毛虫，金精也；孔子作《春秋》，有立言；西方兑，兑为口，故麟来。’谨案：公议郎尹更始、待诏刘更生等议石渠，以为吉凶不并，瑞灾不兼。今麟为周亡天下之异，则不得复为汉瑞。知麟应孔子而至。”（转引自皮锡瑞：《〈驳五经异义〉疏证》，277~278页，台北，文海出版社，1967。）其中尹更始、刘更生（即刘向）等人“麟为周亡天下之异，则不得复为汉瑞”之说大概可以代表一些古文经学家的看法。
