阿赖耶识种子又是怎样变现出一切现象的呢？瑜伽行派宣称，人们的经验认识遗留在阿赖耶识里成为种子，阿赖耶识种子又生起诸八识，这八种识如发生作用必于自识内变现种种影像，如眼识变现形声，耳识变现声音，即能把识的一部分转变为“心”的对象，作为自身接触、认识的对象。瑜伽行派十分强调八识中第八阿赖耶识和前七识的不同作用，指出虽然八个识都能变现相应的现象，但是前七识所变现的只是影现于内心的物像，并非是心外的色、声、香、味、触乃至山川、草木、日月、星辰等事物的本质。真正能变现心外的事物本质的是第八阿赖耶识。前七识的种子都摄藏在第八阿赖耶识中，第八阿赖耶识摄藏了一切万有所由以产生的原因，归根到底，第八阿赖耶识是宇宙万有的总根源、总依据。由此，瑜伽行派并不说八识缘起，而独称第八阿赖耶识缘起。
瑜伽行派为了进一步说明种子变现现象的理论，还提出了“现行”范畴，并通过阐述种子和现行的关系，作为论证万法唯识的基本论据。所谓现行是指第八阿赖耶识种子显现出来的一切现象。种子是阿赖耶识的潜在状态，现行是潜在状态转化出来的外在表现。种子是因，现行是果。没有种子就没有现行，这是种子和现行的基本因果关系。在实际上，种子和现行又是互为因果的。因为按照熏习的理论，前七识是“能熏”，第八识是“所熏”，当前七识的现行变现出各种现象时，就将印象储藏在第八识中，熏习已有的种子，产生出新的种子。所以种子有能生的和所熏的两面，现行有所生的和能熏的两面，两者是双重的因果关系：“种子生现行”、“现行熏种子”。这种种子和现行的互为因果、互相依存、互相转化，就是瑜伽行派所讲的阿赖耶识种子变现现象的总的轨迹和图景。
人人都有阿赖耶识，各人的阿赖耶识也不相同，那么，各人变现的现象是否也都不相同呢？
瑜伽行派宣传变现有共变与不共变两种，变现有相同的又有不相同的。所谓共变，是指共同种子的变现，如山河大地，日月星辰。所谓不共变是由不共同种子的变现，如个人的五官、身体等。共变又分两种：一是共中共，指共同种子变现，又是个人和他人共同受用的，如山川大地等；一种是共中不共，共同种子变现，但个人与他人不共同受用的，如房子、衣服等。不共变也分两种：一是不共中共，如眼球、耳穴、鼻柱等没有认识作用的生理器官；一是不共中不共，如依附于眼球、耳穴、鼻柱等的非生理机能，是产生感觉的条件。瑜伽行派还宣传这些共或不共的种子是名言种子，要变现共或不共的现象，还必须有善恶的业种子。一个人生起的共或不共的现行果，是前生阿赖耶识中共或不共的种子和善恶的业种子共同作用的结果。
按照瑜伽行派的理论，阿赖耶识种子是一切现象的第一根源，就其作为一切现象的根据来说，可以说是带有本体的意义。但是，阿赖耶识种子又居于现象之中，属于有为法，不是本体。瑜伽行派所讲的本体是无为法中的真如无为，即所谓真实如常的理体。也就是说，瑜伽行派是把现象与本体相隔离的。
二、唯识无境说瑜伽行派还从阿赖耶识种子变现说，推出唯识无境说。他们宣扬，世界一切现象都是内识的变现，识外没有独立的客观存在。这也就是唯有内心、心外无境的“内有外无”说。
“唯识”含有多重相近而又不完全相同的意义，瑜伽行派各家对唯识的阐释侧重点各有不同，综合各家的观点，主要是：（1）一切现象都不离识，称为唯识。也就是说，一切事物都是依存于经验、意识的东西。所谓“万法唯识”，就是说，一切现象都不能单独脱离识而独立存在。
（2）唯是简别的意思，即排遣执著心外之境为实有的迷妄。识是了别，是内心的作用。所谓唯识就是唯有内识，也就是识有境无。（3）一切以识为性，称为唯识。识是能分别了达，境如山河大地、花草树木是识的所分别了达。能分别和所分别都出于识，就是说，一切现象归根到底在性质上都属于识的一类，是为唯识。这些意义的思想核心是，客观事物是识的所分别，是识的体现，是识的一部分。
唯识无境说的境，指六识所了别的对象，如眼识以色尘“尘”，指世间的一切事物，佛教认为世间事物不净，会染污真性，故名。为其境界，耳识以声尘为其境界，色尘、声尘就是认识对象。无境是指境的不真实性。印度佛教认为，所谓真实就是不待缘的、绝对的、不变的，这被认为是无须证明的公理。瑜伽行派也认为世界万物既然是变化无常的，那就是不真实的，只有主观的识是唯一的真实。它还通过唯识的理论来论证无境，强调认识对象、外界的境都是人的心识变现出来映现于自己心里的影像而已，是不真实的，这就是反对认识内容之外别有客观存在，认为被认识的客观对象是依赖主观而存在的。如一个人看到一只老虎，只是那个人主观认识上的老虎。客观上有没有老虎呢？瑜伽行派认为老虎只是一种假象，是变化无常的，没有实体的，不是真实存在的。瑜伽行派也承认色法和心法的区别，色是有质碍的，识是能了别的，物质现象和精神现象的作用是不同的，但是，在瑜伽行派看来，作为认识对象的实在是不能超出认识之外的，色不能离开识而存在。如果以为识外还有独立存在的认识对象，那就如同妄执镜中的影像为实有一样，被认为是一种妄见。瑜伽行派强调认识领域中主客体的统一性，是有理论意义的，但是否认映现于人们内心影像的客观实体的真实性，否认客观事物独立于人的意识之外，是不正确的。
§§§第五节六大缘起论
公元7世纪以后，印度大乘佛教部分派别与婆罗门教相结合而形成的密教，宣扬六大缘起论，认为世界万物、众生乃至佛都是由地、水、火、风、空、识“六大”造成的。这个学说比较简略，但也有其特色。
六大，也称“六界”，是构成世界一切事物和现象的基本元素。六大早在《阿含经》中已有论及，《中阿含经·度经》说：“云何六界法？……谓地界、水、火、风、空、识界。”后来“大日如来”经典又提出“六大无碍常瑜伽”的命题。“瑜伽”，相应的意思。宣传六大是自他无碍、彼此相应的。密教据此提出六大缘起论。“大”是说六大弥纶整个宇宙，无所不遍，无所不在，所以是大，是大种。六大是说世界的六种大种，六种基本元素。具体地说，地大，指一切坚性的东西，有保持的作用。水大，显性的东西，有收集的作用。火大的本质是热性，使东西成熟。风大，指流动气体，有使动物生长的作用。空大，即虚空，内外的间隙，也是能生长的因。识大，指心，包括五蕴的受、想、行、识四部分，是有情生存之所依。概括起来说，六大有六性、五用、六形和六色。按地、水、火、风、空、识六大的顺序，六种性质是坚、湿、暖、动、无碍和了别。五种业用是持、摄、熟、长和不障。六种形状是方、圆、三角、半月、团形和杂形。六种颜色是黄、白、赤、黑、青、杂。一切现象都不出这六性、五用、六形、六色。六大的前五大属于物质现象，后一大属于精神现象，六大就是心物二元，由心物合而构成万物，带有鲜明的心物二元论色彩。同时密教又把地、水、火、风、空色法归属于理，识为心法则归属于智，强调色心不二，理智为一，从而又归结于唯心主义了。
六大如何生成宇宙万物呢？密教提出了“六大无碍”说，六大周遍整个宇宙，互具互融，所以为一切现象缘起的本原。六大无碍分为“异类无碍”和“同类无碍”两种。异类无碍又分两种情况，一是互具，即六大中的任何一大互具其他五大。如一地大中，具其他五大，一水大中，也具余五大，其他大也如此。二是各具，即六大各守自性，互不相乱。密教认为，六大相互无碍，彼此涉入，由此而生成万物。也就是说，有一大必有其他五大，一滴水、一抔土也有其他五大，非情识的金石、草木也有识大。由此也可以说，一大中就具有一切现象，无碍一体。还可反过来说，全宇宙任何一处都是地大，或都是水大，乃至都是识大，六大无碍涉入。同类无碍是指彼此的六大相望，无障无碍，相互涉入。比如，此之地大，与彼之地大，无碍涉入。此之水大，与彼之水大，无碍涉入。火、风、空、识也是如此。由此也可说，一地融摄无穷无尽的地，一水融摄无穷无尽的水，火、风、空、识也是如此。再是，此之六大，与彼之六大，也无碍涉入，如众生之六大与佛之六大也是融会无碍的，由此也可以说，众生外无佛，佛外无众生；众生就是佛，佛就是众生。综合异类无碍和同类无碍，可见从日月星辰、山河大地至广大众生，再至菩萨、佛，彼此虽有高下、凡圣的区别，粗细、大小的不同，但无一不是六大所成，都是互相涉入、圆融无碍的。
密教还宣称，六大就是“大日如来”。“大日如来”是梵文摩诃毗卢舍那如来的意译。“摩诃”是大的意思，“毗卢舍那”是光明遍照的意思，合称为“大日”。“如来”是佛的称号。
密教认为，大日如来就是理智不二的法身佛，是所尊奉的主要对象。这也就是说，六大就是佛身，佛身就是六大。宇宙一切现象都由六大构成，也无非就是大日如来。宇宙间大至山河大地，小至一尘一毛，都具有六大，都以大日如来为体，是大日如来法身的显现。一切国土无非是大日如来所依的密严净土。密教把一切现象归结为佛的显现，这就把佛教缘起理论推进到更加神秘的境地。
