认为清中叶孔广森治《春秋公羊传》，使得两千年不传之绝学而略明。但清中叶今文经学初兴之时，并不排斥古文学，所以当时还难分今古文学，如庄存与等既治今文《公羊》，又治古文《周官》。至刘逢禄、宋翔凤，虽他们的学问是不成熟的今文学，但其区分今古，使今、古文学对垒抗行，自此而后有了整个今文学，功实不可没。尤其是刘逢禄，他主西汉董仲舒、东汉何休之学说，确守今文师法，反对东汉许慎、郑玄的琐屑考证，主张发挥“微言大义”，通过研究何休的《春秋公羊解诂》，从阐发何休的“三科九旨”入手，对“张三世”、“通三统”（夏、商、周）等《春秋》义例作了系统阐释，主张发挥“张三世”的改制思想。为清代《春秋》“公羊学”的复兴奠定了基础，由此形成《春秋》“公羊学派”，并对近代改良主义产生了重要影响。但蒙文通却认为刘、宋之学乃不足以成熟的今文学言之，只不过在区分今古文学上，有它的功劳。而廖平以王闿运为师，在陈寿祺、陈乔枞父子“渐别今古”及陈立“知礼制为要”思想的影响下，“综合群言而建其枢极”，提出以《王制》、《周礼》区分今古文学的思想。在蒙文通看来，廖平一派才是成熟之今文学，所以说“汉代之今文学唯一，今世之今文学有二。至廖师而后今文之说乃大明”。而“龚、魏之学别为一派，别为伪今文学”。把与己说有异，注重发挥《公羊传》的“公羊三世说”，主张“更法改图”，改革弊政，以及继承董仲舒的《公羊春秋》说，发挥《公羊》的“微言大义”，使经术为治术服务的龚自珍、魏源之今文学说成是“伪今文学”。 认为龚、魏一派“去道已远”，“漫无根荄”，是以“狂惑之说乱于前，扬其波者又淆之于后”。对龚、魏今文学本身及其产生的影响予以否定，这包括“以龚、魏为依归”的康有为之今文学。这反映了蒙文通的清代今文经学观。
进而，蒙文通批评清世今文学者皆主于《公羊》，是以支庶而继大统。认为若按以礼说经，则《穀梁》鲁学为大宗，鲁学应为经学之嫡传。并认为《公羊》学的改制说也非经学之本义，乃不根之说。对组成清代今文学重要内涵的《公羊》学及其改制说加以否定，而即使其师廖平也主张孔子改制说，认为孔子改制，其意在救弊，但这也在蒙文通的否定之列。他说：
清世言今学者皆主于《公羊》，遂以支庶而继大统，若言学脉，则固不如此。由《穀梁》以礼说今文者，鲁学之遗规，由《公羊》以纬说群经者，齐学之成法，此今文中二派对峙之主干。经学者固鲁人为嫡传，纬书者固齐学之大本，齐学且不必专言经，治经者其余事耳。自经学既盛，齐人亦起而说六典，遂以阴阳五行之论入之，其学自不必以经为主。况以何休之义言之，改制之说推本于王鲁，王鲁之说推本于隐公元年，以为诸侯不得有元年，鲁隐公之有元年，实孔子王鲁之义，亦即改制之本。然《左氏》称惠之二十四年，惠之十八年，《晋语》自以献公以下纪年，诸侯之得改元，《春秋》著其实。《白虎通义·爵篇》谓：“王者改元，即事天地，诸侯改元，即事社稷。”则礼家断其义。安在隐公元年即是王鲁，而衍其说于改制？故改制者实不根之说，非经学之本义也。……由改制故言托古，改制之事不实，则托古之说难言。
认为今文学中有齐鲁两派的对峙：由《穀梁》以礼说今文，此为鲁学之遗规；由《公羊》以纬说群经，此为齐学的成法。而蒙文通以《穀梁》鲁学为大宗，鲁人为经学之嫡传；而以《公羊》齐学为巨擘，齐学以纬书为大本。尽管清代今文学者皆主于《公羊》之齐学，但蒙文通认为这不过是支庶占据了大统的地位，分支之巨擘取代了嫡传之正统地位。类似于现代新儒家代表人物牟宗三所说的“别子为宗”。虽然蒙文通在这里主张以《穀梁》鲁学为大宗，为经学之正统嫡传，而以《公羊》齐学为支庶，齐学本之于纬书，重鲁学而斥齐学，但在他本人所作的代表著作《儒家政治思想之发展》里，却又盛赞作为齐学的《齐诗》学，并引纬书以证《齐诗》之“五际”、“四始”说，认为今文学的“革命”说的理论依据在西汉今文《齐诗》学的“五际”说中就可找到。以《齐诗》“五际”说之“革命”说来批评晚清《公羊》学派宣传的“改制”说，这恐怕有些自相矛盾。如果说，蒙文通要批判齐学及其所依据的纬书，借以树立鲁学作为经学的正统嫡传地位，那么，就不应盛赞作为齐学重要组成部分的以纬书为依据的《齐诗》学之“五际”说。既批判齐学之《公羊》学，又盛赞齐学之《齐诗》学，对纬书并不排斥，反有所引用，恐前后难以自圆其说。
蒙文通并对清代《公羊》学为批判没落的封建君主专制主义，要求改革，实行君主立宪制而提出的理论基础——“改制”说加以否定。认为按何休所说，改制之说推本于王鲁，王鲁之说推本于隐公元年，以为诸侯不得有元年，鲁隐公之有元年，表明孔子王鲁之义，亦即是改制之本。但依《左传》、《国语》之《晋语》都有诸侯改元的记载，并引《白虎通义·爵篇》之语，既有王者改元，也有诸侯改元，所以不能说记载了鲁隐公元年，就表明了孔子王鲁之义，而王鲁就成了改制的依据。蒙文通认为，建立在鲁隐公元年、王鲁基础上的改制之说是没有根据的“不根之说”，亦非经学之本义。其说或有一定的道理，而何休及运用改制说的廖平、康有为或许有解说不清的地方，但包括清代今文学及其改制说在内的任何思想文化既然是时代的产物，就应适应时代变迁和社会历史发展的客观需要，而不是让社会的发展去适应某种在历史上产生的思想文化。也就是说，历史研究不是为了发思古之幽情，而是为了探讨和总结历史上思想文化发展的客观规律、发展线索、历史经验教训及对后世和现代社会的影响，为现代社会的发展提供一定的借鉴。因此，对清代今文学包括《公羊》学及其“改制”说的研究，应把历史的观点与现实的观点结合起来，即把历史上的经学考证与现实社会发展变革的实际需要结合起来，以探讨今文经学与清代社会发展的关系。主要看今文学及其“改制”说有没有提供当时社会变革所需要的进步的思想理论，是否为社会进步、社会发展作出了贡献。对今文经学及其影响作现代审视、反思，挖掘其现代意义。应客观、历史地看到，廖平、康有为根据时代的要求，强调托古改制，因时救弊，是具有其重要政治意义的。廖平认为《周礼》到晚末积弊最多，孔子以继周当改，故寓其事于《王制》。凡其所改，专为救弊。这是今文学之所以与古文学不同的原因。他指出，孔子面对春秋时礼坏乐崩的局面，深感不安，乃思垂教，笔削《春秋》，对《周礼》进行因革损益，以成《王制》，孔子其意在改制救弊。受廖平思想的影响，康有为著《孔子改制考》，大力宣传“托古改制”思想，把“托古改制”与现实政治结合起来，为变法维新运动提供理论依据。康有为将“公羊学”的三世说与《礼运》的小康、大同说相结合，认为由据乱世进入升平世（小康），进而发展为太平世（大同）是社会进化的普遍规律。他认为当前中国仍处于据乱世，应当改革为君主立宪制，而以后再实行民主共和制。康有为以“托古改制”说为依据，大力提倡进步的民主和民权平等思想，宣传历史进化论和社会进步论，批判没落的封建君主专制主义，要求改革，实行君主立宪制。这反映了新兴资产阶级反对封建专制主义的时代精神，在当时产生了重要影响，因而其孔子“托古改制”说也遭到了封建顽固派的攻击。到后来，随着时代的进一步发展，康有为领导的变法维新运动及其“托古改制”理论渐趋落后，已不适应新时代发展的要求，而被孙中山领导的资产阶级革命运动及其革命理论所取代。但不能因此而否定在一定历史时期内，廖平、康有为所提倡的今文经学理论的进步性及其为社会发展所作出的贡献。
