该线任务艰巨，运夫征集时有困难，且经费时告匮乏，开展运输实属不易。1941年，奉建支线总段根据民国三十年的年度预算，就指出该线的营运经费正面临困难：“就新编制官夫员名，及工具购置，站屋建筑，各项设备等，合计支出国币三百九十一万六千零二十二元八角，而营业收入则仅一百七十五万二千三百元，收支两抵尚不敷二百一十六万三千七百二十二元八角。”如此大的财政赤字，所盼望的军事当局“军运协款”之补助却迟迟未到。因事关第六战区军运，移交第六战区接办也许是摆脱营运困境的最佳办法。“查奉建支线现正商由第六战区接办，在该战区未接办前，似毋庸更张。至该线开办以来，因军运所受营业亏损，业由本处呈请军事当局核拨军运协款，一俟奉准，再行转知”。“军运协款”还在呈请，而奉建支线因为军运运价过低而营业亏损，经费正运转困难，业务开展正面临危机，又因该线接近战区，战略意义日益明显，第六战区司令部为求便利指挥管理计，经商准交通部，于1941年6月1日将该线运输事项交由其接收办理。据四川省驿运管理处在其呈文中所称：“查本处所属奉建总段已奉命于六月一日结束，所有该总段过去承办第六战区军运事宜，业已全部移交该战区接办。”
（二）新渝支线总段。川东毗邻前方战场，无疑就由其首先承担前线的军米供应，但因军米供应量大而川东产粮并不充裕，因此即向川西粮食盛产地调剂，此川西军米的运输任务则由四川省驿运管理处部分承担。1940年10月，四川省驿运管理处成立之初，即着手筹备驿运营运机构，确定此项军米运输路线。经初步勘察，此项军米决定由沱江水运至重庆，其驿运路线定名为新渝支线。据四川省驿运管理处致重庆交通部驿运总管理处代电所称：“查本处新渝支线总段，前经呈奉四川省政府准核，本处业务科长张毓灵兼代该总段副总段长，即日前往筹办，并经本处于十月二十五日以驿总字第45号代电呈报在案。前据该副总段长先后电呈，遵于十月二十四日率同总段职员驰往新都，暂就公园内桂湖宾馆开始办公，加紧筹备，已于二十六日正式成立，并于卅日开运。”新渝支线总段于1940年10月26日成立，设总段机构于新都，由四川省驿运管理处业务科长张毓灵兼代副总段长，主持该驿运总段各项业务。
该线“西北起自新都县，沿毗河至金堂县之赵镇，转向东南，顺沱江以达泸县，再转入长江，向东以抵重庆，全长八百一十六公里”，从新都至重庆，由沱江顺流而下，至泸县入长江而东转达重庆，因此该线称为新渝支线。该线根据实际需要，分设新都、金堂、内江、泸县、重庆五驿运分段，由于该线全为水运路线，设站较为简单，仅设新都、赵镇、内江、泸县、重庆五个驿运站。
该线沿途滩多流急，稍有不慎，即肇事故。据记载，险滩最著名者有“新都泸县间之走马滩、马庙滩、九龙滩、桃花滩、马家林滩（以上金堂属）、娃娃滩、石钟滩（以上简阳属）、龙王沱、金山寺滩、钓鱼滩（以上资阳属）、漩涡老（内江属）等”，都极为险恶，“奇险之处，湍流澎湃，急岩奔马”，该线水运实非容易。开运以来，该线运输完全利用民有船只，征雇编队行驶，派员押运，经常动员木船100多只，比如，“自三十年一月起至六月止，前后共征雇木船六六六艘，每船船夫平均约一二人（该线运输多为顺流而下），共约七九九二人，每月雇用平均约一一一艘，计一三三二人”。与此同时，新渝支线总段也利用民间运输势力，与沿线船业公会组织订立合约，由其征雇民间木船，负责部分新渝支线总段所承担的运输任务。该支线总段先后与金堂县赵镇船业公会，泸县民船业公会，新都县船业公会，内江县民船同业公会等组织签订合约，向民间“挑选完整坚固之船只，承雇装运军米”。在军米运输中，虽有船户因运价过低而规避之情事发生，但运输工作基本能“顺利推行”。
该线“所经县份，物产丰阜，滨江各县，富荣繁盛，物产如金堂之烟，简阳资阳内江之糖，内江之油，泸县之工商品，以及沿江各地之手工业品”。所以，除了运输军米之外，新渝支线兼运叶烟、糖、桐油、药材等商品。从1940年10月26日新渝支线总段成立至1942年12月底驿运机构正式改组为驿运区之前，该支线货运运量共计11849.952吨，3534548延吨公里。
1942年6月，四川省驿运管理处根据实际营运状况，实行机构改组，以新渝支线为中心，包括川西所有规划之中的四川省办驿运路线，合组更名为川西支线，所设驿运机构为川西支线总段。然而随着该支线总段新辟驿运路线的增多，“支线总段”之名称已不适合其时实际情形，1943年1月，驿运支线总段机构正式更名为驿运区，川西支线总段改名为川西驿运区。
（三）渝广水陆联运线总段。由重庆沿江而上，至宜宾转沿岷江向北至成都，再从成都沿川陕公路经新都、广汉、德阳、绵阳、梓橦等县而至广元，过广元后也可北行到达川陕交界处棋盘关入陕西。全线横贯四川东西南北，在抗战中战略地位突出，是川省水陆运输之大动脉，尤为西北与西南交通之孔道，其意义一方面可使川西食粮源源东运，一方面沟通川陕，可使陕西棉花布匹大量输入。渝广水陆联运线的设立，即利用了此一交通大动脉。该线成立，其起因是由于乐西公路赶筑，需工粮五千担，由四川省驿运管理处代运，因此设立驿运机构，组织民夫船只“自新津代运至［嘉］定”。在此基础上，四川省驿运管理处再为承运四川特种工程委员会工粮处工粮起见，渝广水陆联运线总段于1940年12月23日在成都正式成立，由何道赟任副总段长代理总段长职务，“所请核委该处运输科长何道赟兼代渝广水陆联运线总段副总段长代理总段长职务，应予照准”。另据四川省驿运管理处致四川省粮食购运处的公函中声称，该线“业于十二月二十三日在线香街九十一号正式成立办公”。
该线由重庆至川西北之广元，共长1127公里，陆路由广元经川陕公路至成都，计长357公里，水路则由成都顺岷江下游至宜宾，入长江直达重庆，计长770公里。就陆路而言，虽为利用公路进行驿运，但绵阳至广元段，为“高山峻岭，上坡颇费时间”，如武侯坡长13公里，如“剑阁北渐渐上坡至三十公里为剑门关，乃川陕之咽喉，俯视两河口长十二公里坡度，最大盘山行驶，极为危险”，陆路运输实也艰难。渝广水陆联运线总段成立后，即行设立驿运分段与驿运站等机构，陆路分为成都段、绵阳段、广元段三驿运分段，同时，共设北门站、新都站、绵阳站、广元站四驿运站。水路由成都段管辖成都经宜宾至泸县段，设立成都东门水运站，该线水路一直处于试航阶段，真正的运输并未展开。此外，重庆及泸县方面之段站的设立，则由新渝支线总段所设各段站兼办，以节省经费。1941年，四川省驿运管理处以“统一事权，便利指挥”为由，令饬渝广水陆联运线“接管新渝总段所属重庆泸县各段站”，于同年12月1日，新渝支线总段泸县和重庆驿运分段移交渝广水陆联运线接办。
渝广水陆联运线总段成立后，即承运新津特种工程工粮。1940年11月，因军事需要，国民政府征集四川16县民工十多万人，扩建新津机场，是为新津特种工程。所谓特种工程，即修筑军用机场，因为军事机密，对外宣称为特种工程。新津特种工程工粮则由渝广水陆联运线总段和川西支线总段承担。渝广水陆联运线总段承担任务后，除水路利用木船外，陆运则系征用胶轮板车等驿运工具，迅速投入运输。该线所承运范围为成都、华阳、新都、双流四县工粮，于1941年3月16日圆满完成任务。承运新津特种工程工粮结束后，据统计，1941年1至6月，共雇用胶轮人力板车2487辆，胶轮兽力板车615辆，人力车1448辆。运夫共计约14861人，骡马1230匹，共计载运3565.716吨，计5280971延吨公里，平均每吨约运行149公里。除了承运特种工程工粮外，该线还承运部分商品，例如陕西过来的棉花，四川自贡的食盐。从该线总段成立，到1942年7月底止，总计承运货物10308.649吨，2243655延吨公里。
如前所述，渝广水陆联运线所在路线横贯四川东西南北，是川省水陆运输之大动脉，尤为西北与西南交通之孔道，抗战中战略地位极为突出。正因为如此，渝广水陆联运线“为国际军运线及物资线，需要大规模与多数经费，应移交总管理处接办”，该线事关“国际运输”，交由驿运总管理处经营似乎更为合理。此外，《全国驿运会议主席团报告书》中早已形成决议：“今后驿运方针，应首先着重国际干线与后方军运线路之打通。”渝广水陆联运线交由中央接办已为顺理成章之事。1942年8月1日，基于该线的特殊地位和中央驿运方针，渝广水陆联运线奉令移交交通部驿运总管理处，由川陕驿运干线分处接办，“以贯通川黔泸昆叙乐西及川陕各干线”。据其时任川陕驿运干线分处处长张冲霄在其公函中所称：“本处遂于七月一日筹组成立，冲霄同日就职视事，八月一日接管四川省驿运管理处渝广水陆联运线。”
（四）渠万支线总段。1941年1月3日，四川省驿运管理处副处长张冲霄呈文处长陈筑山，声称：“现以梁山大竹一带粮管局存有大宗粮食，亟待运输万县渠县，前谒卢次长嘱为设法赶运。经向交通部驿运总管理处商请租拨板车肆佰辆，并与四川粮食购运处重庆办事处洪主任瑞涛商订承运合约（另文呈报），同时，运输统制局对本省驿运计划线路亦可核准于第一期举办渠万一段。为实行本处计划及赶运前项粮食起见，拟即成立四川省驿运管理处渠万支线驿运总段，以利进行。”该驿运支线总段即于1941年1月31日在万县成立，由张春霖任总段长，陈道彦任副总段长。
该线自渠县经大竹、梁山至万县，长224公里，分万县、梁山、大竹、渠县四驿运分段，因此线运输需征集四县民夫，即由该四县县长分别代理各四分段段长职务，由四川省驿运管理处令派副分段长，以期有利于驿运工作的顺利开展。与此同时，分别设立渠县、卷洞门、万县、高山坡、分水、福禄坝、梁山、银河场、大竹九个驿运站，具体负责营运工作。
渠万支线的主要任务为运输全国粮食管理局存梁山大竹一带的粮食，以及沿线棉纱食盐等物品。其运输路线即由大竹梁山运抵万县（再沿长江水运至奉节，经奉建驿运线至恩施，或经万恩陆运线至恩施），或者，由梁山大竹运至渠县（再经渠江、嘉陵江水运至重庆），并且该线完全利用1937年修通的川鄂公路渠万段从事运输。因此，此线营运道路平坦，运输困难不大，完全可以利用板车运输。渠万支线成立后，交通部驿运总管理处立即租拨板车200辆给该线总段使用，全国粮食管理局也预拨了周转金15万元给其营运。另据有关资料显示，交通部驿运总管理处于1941年2月拨给该线胶缘人力板车200辆，每辆规定载重为400公斤，但这种车辆，因为不是气轮，行驶时震动较大，易于损坏物品，车辆也容易损坏，以致修理费偏高。因此，同年5月驿运总管理处改拨给该线胶轮板车50辆，同年6月再拨给50辆。胶轮板车为气胎板车，胶缘板车的缺点可予避免，所以使用胶轮板车，改善了渠万支线总段的运输条件。同时在运输繁忙时，该支线也征雇民有独轮车协助运输，梁山大竹一带粮食运输进展顺利。运量方面，据统计，该线总段成立后，仅三个月，即承运“食粮等七六一〇五吨，计三六九五七延吨公里”，1941年一年共承运货物2686.705吨，175086延吨公里。
（五）川西支线总段。如前所述，1940年11月，国民政府因军事需要，共征集四川省16县民工十多万人，扩建新津机场，而十多万民工的粮食供应，即所谓工粮，则由四川省驿运管理处承担运输。除由渝广水陆联运线总段部分承运外，四川省驿运管理处决定另行设立川西支线总段，专门负责新津特种工程工粮运输。据四川省驿运管理处致交通部驿运总管理处代电声称：“本处为承运本省特种工程委员会工粮迅赴事功起见，拟即日成立川西支线总段，积极筹备开运，并派本处视察袁树声代理该支线副总段长代理总段长职务，以专责成。”1941年1月15日，川西支线总段在新津成立，以袁树声为副总段长代理总段长职务。
事实上，于新津特种工程工粮运输之前，四川省驿运管理处已拟定开辟该驿运线之计划，据其原定营运计划，是以成都为中心，西北至灌县，长55公里，西南至雅安，长151公里，共长206公里。因新津特种工程紧急，所有工粮，全由四川省驿运管理处承运，为适应环境便利运输计，将该总段运输里程及段站设置予以权变，分邛崃、蒲江、崇庆、郫县、温江五驿运分段，共“长二六三公里”，以各分段所在之县县长兼任分段长职务，“电饬协助”，以利工粮运输工作的顺利开展，同时，相应设立邛崃、蒲江、崇庆、郫县、新津、温江六个驿运站，负责工粮交运与接收工作。
该线段站机构设立后即行开运。由于该线交通情形复杂，有利用公路运输者，有利用古驿道乡间便道运输者，有利用河流运输者，不一而论，因此，“所用工具为胶轮板车、木船、竹筏、独轮高车四种，均系向民间征雇”，具体到各驿运分段，其中蒲江主要利用竹筏，邛崃利用木船和板车，温江使用板车和独轮车，崇庆主要使用独轮车，郫县则主要使用板车进行运输。其载重量及日行里程，均照四川省驿运管理处之规定办理，并且能“如期运集，源源不匮”。运输方向上以新津为中心，所需工粮由邛崃、蒲江、崇庆、郫县、温江运抵新津。自开运迄结束共四个月，计雇用板车1306辆，独轮车19840辆，竹木筏336支；共计运夫约27378人，载运3493.422吨，计156481延吨公里，平均每公吨运行45公里。
新津特种工程于1941年2月底结束，工粮运输任务完成，该线“已无固定设置之必要”，据川西支线总段呈文所称：“本总段工粮运毕，奉令裁撤，关于人事除已停职五十余人呈报有案外，留用人员或因事务有关，或成绩优良者，仅二十七员。”大部人员“停薪留职”予以遣散，薪金只发至该年4月15日，留用人员则调回省驿运管理处，再予分派工作。川西支线总段于同年4月10日正式结束，营运不足三个月。
